Systems biology-opportunities and challenges: the application of proteomics to study the cardiovascular extracellular matrix.
Systems biology-opportunities and challenges: the application of proteomics to study the cardiovascular extracellular matrix.
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DOI：
10.1093/cvr/cvw206
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发表时间：
2016-12
影响因子：
10.8
通讯作者：
Mayr M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Barallobre-Barreiro J;Lynch M;Yin X;Mayr M
包括蛋白质组学在内的系统生物学方法正在心血管研究中得到越来越广泛的应用。在这篇综述文章中，我们专注于应用蛋白质组学的心脏细胞外基质（ECM）。ECM重塑是许多心血管疾病的标志。使用质谱（MS）的蛋白质组学技术为ECM蛋白质的综合分析提供了一个平台，而无需先验假设。蛋白质组学克服了传统抗体检测固有的各种限制。另一方面，使用全组织裂解物进行蛋白质组学分析的研究掩盖了丰度较低的ECM成分的鉴定。在这篇综述中，我们首先讨论了基于去细胞化的方法，丰富的ECM蛋白在心脏组织中，以及如何有针对性的MS允许准确的蛋白定量。第二部分的审查将集中在翻译后修饰，包括羟基化和糖基化和释放的基质片段的生物活性（matrikines），所有这些都可以通过蛋白质组学技术进行查询。
Systems biology approaches including proteomics are becoming more widely used in cardiovascular research. In this review article, we focus on the application of proteomics to the cardiac extracellular matrix (ECM). ECM remodelling is a hallmark of many cardiovascular diseases. Proteomic techniques using mass spectrometry (MS) provide a platform for the comprehensive analysis of ECM proteins without a priori assumptions. Proteomics overcomes various constraints inherent to conventional antibody detection. On the other hand, studies that use whole tissue lysates for proteomic analysis mask the identification of the less abundant ECM constituents. In this review, we first discuss decellularization-based methods that enrich for ECM proteins in cardiac tissue, and how targeted MS allows for accurate protein quantification. The second part of the review will focus on post-translational modifications including hydroxylation and glycosylation and on the release of matrix fragments with biological activity (matrikines), all of which can be interrogated by proteomic techniques.
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影响因子：
64.5
作者：
Cox, Juergen;Mann, Matthias
通讯作者：
Mann, Matthias
影响因子：
37.8
作者：
Cheung, PY;Sawicki, G;Schulz, R
通讯作者：
Schulz, R
影响因子：
10.8
作者：
Barallobre-Barreiro J;Oklu R;Lynch M;Fava M;Baig F;Yin X;Barwari T;Potier DN;Albadawi H;Jahangiri M;Porter KE;Watkins MT;Misra S;Stoughton J;Mayr M
通讯作者：
Mayr M
影响因子：
24
作者：
Amado, LC;Gerber, BL;Lima, JAC
通讯作者：
Lima, JAC
DOI：
10.1007/978-1-62703-386-2_17
发表时间：
2013-01-01
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Barallobre-Barreiro, Javier;Didangelos, Athanasios;Mayr, Manuel
通讯作者：
Mayr, Manuel