Sample preparation for phosphoproteomic analysis of circadian time series in Arabidopsis thaliana.
Sample preparation for phosphoproteomic analysis of circadian time series in Arabidopsis thaliana.
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拟南芥昼夜节律时间序列的磷酸蛋白质组学分析的样品制备。
DOI：
10.1016/bs.mie.2014.10.022
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发表时间：
2015
影响因子：
--
通讯作者：
Millar, Andrew J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Krahmer, Johanna;Hindle, Matthew M.;Martin, Sarah F.;Le Bihan, Thierry;Millar, Andrew J.
系统生物学方法研究拟南芥昼夜节律钟主要集中在转录组学，而对蛋白质组学知之甚少，更少关于翻译后修饰。有证据表明，翻译后蛋白质修饰，特别是磷酸化，对生物钟及其输出起着重要作用。磷酸化蛋白质组学是一种大规模的方法，以获得更多的知识节奏蛋白质磷酸化的方法。最近的植物磷酸蛋白质组学出版物已经鉴定了几千种磷酸肽。然而，这些研究中使用的方法是非常劳动密集型的，因此不适合应用于一个良好的复制昼夜节律的时间序列。为了解决这个问题，我们提出并比较了不同的策略，磷酸化蛋白质组学的样品制备是兼容大量的样品。方法进行了比较，关于数量的鉴定，定量的变异性，和功能分类。我们专注于用于蛋白质提取的洗涤剂类型以及其去除方法。我们还测试了一个简单的两级分分离的蛋白质提取物。
Systems biological approaches to study the Arabidopsis thaliana circadian clock have mainly focused on transcriptomics while little is known about the proteome, and even less about posttranslational modifications. Evidence has emerged that posttranslational protein modifications, in particular phosphorylation, play an important role for the clock and its output. Phosphoproteomics is the method of choice for a large-scale approach to gain more knowledge about rhythmic protein phosphorylation. Recent plant phosphoproteomics publications have identified several thousand phosphopeptides. However, the methods used in these studies are very labor-intensive and therefore not suitable to apply to a well-replicated circadian time series. To address this issue, we present and compare different strategies for sample preparation for phosphoproteomics that are compatible with large numbers of samples. Methods are compared regarding number of identifications, variability of quantitation, and functional categorization. We focus on the type of detergent used for protein extraction as well as methods for its removal. We also test a simple two-fraction separation of the protein extract.
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影响因子：
7.4
作者：
Reiland, Sonja;Messerli, Gaelle;Baginsky, Sacha
通讯作者：
Baginsky, Sacha
DOI：
10.1083/jcb.200104022
发表时间：
2001-07-23
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Hiltbrunner A;Bauer J;Vidi PA;Infanger S;Weibel P;Hohwy M;Kessler F
通讯作者：
Kessler F
影响因子：
4.4
作者：
Chen, Emily I.;Cociorva, Daniel;Yates, John R., III
通讯作者：
Yates, John R., III
DOI：
10.1016/j.bbrc.2004.01.054
发表时间：
2004-03-05
影响因子：
3.1
作者：
Akimoto, H;Wu, C;Ohmiya, Y
通讯作者：
Ohmiya, Y
影响因子：
--
作者：
Robles, Maria S;Mann, Matthias
通讯作者：
Mann, Matthias