JGI Plant Gene Atlas: an updateable transcriptome resource to improve functional gene descriptions across the plant kingdom.
JGI Plant Gene Atlas: an updateable transcriptome resource to improve functional gene descriptions across the plant kingdom.
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DOI：
10.1093/nar/gkad616
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发表时间：
2023-09-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
基因功能描述为潜在性状变异的候选基因提供了至关重要的证据。相反，植物对环境线索的反应是破译基因功能的重要资源，随后通过基因编辑为植物改良提供分子靶标。然而，大部分基因在植物系统发育中的生物学作用却没有得到充分的解释。在这里，我们描述了联合基因组研究所（JGI）植物基因图谱，这是一个可更新的数据资源，包括跨越18个不同物种的转录物丰度测定。为了整合这些不同的基因型，我们分析了表达谱，构建了表现出组织/条件特异性表达的基因簇，并测试了对环境序列的转录反应。我们发现了广泛的系统发育受限和条件特异性基因表达谱，没有任何先前记录的功能注释。这种保守的表达模式和紧密共表达的基因簇使我们能够将表达衍生的额外生物学信息分配给64495个功能未知的基因。不断扩展的基因图谱资源可在JGI植物基因图谱（https://plantgeneatlas.jgi.doe.gov）和Phytozome （https://phytozome.jgi.doe.gov/）上获得，提供对数据的批量访问和用户指定的基因集查询。结合起来，这些网络界面使用户可以访问差异表达的基因，跟踪基因图谱植物的同源物，图形化地表示共同表达的基因，并可视化基因本体和途径的丰富。
Gene functional descriptions offer a crucial line of evidence for candidate genes underlying trait variation. Conversely, plant responses to environmental cues represent important resources to decipher gene function and subsequently provide molecular targets for plant improvement through gene editing. However, biological roles of large proportions of genes across the plant phylogeny are poorly annotated. Here we describe the Joint Genome Institute (JGI) Plant Gene Atlas, an updateable data resource consisting of transcript abundance assays spanning 18 diverse species. To integrate across these diverse genotypes, we analyzed expression profiles, built gene clusters that exhibited tissue/condition specific expression, and tested for transcriptional response to environmental queues. We discovered extensive phylogenetically constrained and condition-specific expression profiles for genes without any previously documented functional annotation. Such conserved expression patterns and tightly co-expressed gene clusters let us assign expression derived additional biological information to 64 495 genes with otherwise unknown functions. The ever-expanding Gene Atlas resource is available at JGI Plant Gene Atlas (https://plantgeneatlas.jgi.doe.gov) and Phytozome (https://phytozome.jgi.doe.gov/), providing bulk access to data and user-specified queries of gene sets. Combined, these web interfaces let users access differentially expressed genes, track orthologs across the Gene Atlas plants, graphically represent co-expressed genes, and visualize gene ontology and pathway enrichments.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
4.5
作者：
Bruex A;Kainkaryam RM;Wieckowski Y;Kang YH;Bernhardt C;Xia Y;Zheng X;Wang JY;Lee MM;Benfey P;Woolf PJ;Schiefelbein J
通讯作者：
Schiefelbein J
WGCNA：用于加权相关网络分析的 R 包。
影响因子：
3
作者：
Langfelder P;Horvath S
通讯作者：
Horvath S
影响因子：
7.4
作者：
Weng, Xiaoyu;Song, Haili;Sreedasyam, Avinash;Haque, Taslima;Zhang, Li;Chen, Cindy;Yoshinaga, Yuko;Williams, Melissa;O'Malley, Ronan C.;Grimwood, Jane;Schmutz, Jeremy;Juenger, Thomas E.
通讯作者：
Juenger, Thomas E.
PlantTFDB 4.0：成为植物转录因子和调控相互作用的中心枢纽。
影响因子：
14.9
作者：
Jin J;Tian F;Yang DC;Meng YQ;Kong L;Luo J;Gao G
通讯作者：
Gao G