An extensive microRNA-mediated network of RNA-RNA interactions regulates established oncogenic pathways in glioblastoma.
An extensive microRNA-mediated network of RNA-RNA interactions regulates established oncogenic pathways in glioblastoma.
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DOI：
10.1016/j.cell.2011.09.041
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发表时间：
2011-10-14
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Califano A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sumazin P;Yang X;Chiu HS;Chung WJ;Iyer A;Llobet-Navas D;Rajbhandari P;Bansal M;Guarnieri P;Silva J;Califano A
通过结合匹配的微小RNA（miRNA）图谱分析胶质母细胞瘤中的基因表达数据，我们发现了一个规模惊人的转录后调控层面，包含超过24.8万个由微小RNA介导的相互作用。其中包括约7000个其转录本充当miR“海绵”的基因，以及148个通过非“海绵”替代相互作用起作用的基因。在细胞系中进行的生化分析证实，该网络调控着已确定的肿瘤起始和亚型驱动因子，包括PTEN、PDGFRA、RB1、VEGFA、STAT3和RUNX1，这表明这些相互作用介导了经典致癌通路之间的串扰。13个微小RNA介导的PTEN调节因子的RNA沉默（其基因座缺失可预测PTEN表达的变异性）足以以3′非翻译区（3′ UTR）依赖的方式下调PTEN，并提高肿瘤细胞的生长速率。因此，这个由微小RNA介导的网络为大量PTEN基因座完整的胶质瘤样本中PTEN表达缺失提供了一种机制上的、经过实验验证的理论依据。
By analyzing gene expression data in gliobastoma in combination with matched microRNA profiles, we have uncovered a post-transcriptional regulation layer of surprising magnitude, comprising over 248,000 microRNA (miR)-mediated interactions. These include ~7,000 genes whose transcripts act as miR ‘sponges’ and 148 genes that act through alternative, non-sponge interactions. Biochemical analyses in cell lines confirmed that this network regulates established drivers of tumor initiation and subtype, including PTEN, PDGFRA, RB1, VEGFA, STAT3, and RUNX1, suggesting that these interactions mediate crosstalk between canonical oncogenic pathways. RNA silencing of 13 microRNA-mediated PTEN regulators, whose locus deletions are predictive of PTEN expression variability, was sufficient to downregulate PTEN in a 3′ UTR-dependent manner and to increase tumor-cell growth rates. Thus, this miR-mediated network provides a mechanistic, experimentally validated rationale for the loss of PTEN expression in a large number of glioma samples with an intact PTEN locus.
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在致癌 BRAF 诱导的黑色素瘤小鼠模型中体内鉴定肿瘤抑制性 PTEN ceRNA。
影响因子：
64.5
作者：
Karreth FA;Tay Y;Perna D;Ala U;Tan SM;Rust AG;DeNicola G;Webster KA;Weiss D;Perez-Mancera PA;Krauthammer M;Halaban R;Provero P;Adams DJ;Tuveson DA;Pandolfi PP
通讯作者：
Pandolfi PP
影响因子：
64.5
作者：
Hafner M;Landthaler M;Burger L;Khorshid M;Hausser J;Berninger P;Rothballer A;Ascano M Jr;Jungkamp AC;Munschauer M;Ulrich A;Wardle GS;Dewell S;Zavolan M;Tuschl T
通讯作者：
Tuschl T
影响因子：
5.8
作者：
Marioni, JC;Thorne, NP;Tavaré, S
通讯作者：
Tavaré, S
DOI：
10.1126/science.1164382
发表时间：
2008-09-26
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Parsons DW;Jones S;Zhang X;Lin JC;Leary RJ;Angenendt P;Mankoo P;Carter H;Siu IM;Gallia GL;Olivi A;McLendon R;Rasheed BA;Keir S;Nikolskaya T;Nikolsky Y;Busam DA;Tekleab H;Diaz LA Jr;Hartigan J;Smith DR;Strausberg RL;Marie SK;Shinjo SM;Yan H;Riggins GJ;Bigner DD;Karchin R;Papadopoulos N;Parmigiani G;Vogelstein B;Velculescu VE;Kinzler KW
通讯作者：
Kinzler KW
影响因子：
11.2
作者：
Godlewski, Jakub;Nowicki, Michal O.;Lawler, Sean
通讯作者：
Lawler, Sean