Patterns and ecological drivers of viral communities in acid mine drainage sediments across Southern China.
Patterns and ecological drivers of viral communities in acid mine drainage sediments across Southern China.
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中国南方酸性矿山排水沉积物中病毒群落的模式和生态驱动因素
DOI：
10.1038/s41467-022-30049-5
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发表时间：
2022-05-02
影响因子：
16.6
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
环境基因组学的最新进展为自然环境中的病毒研究提供了前所未有的机会。然而，我们对病毒传播模式和相应驱动因素的了解仍然有限。在这里，我们对中国南方的90个酸性矿井排水（AMD）沉积物样本进行了宏基因组深度测序，并研究了这种极端环境中病毒的生物学特征。结果表明，原核生物群落决定了病毒分类和功能多样性、丰度和结构，而其他因素，特别是纬度和年平均温度也影响病毒种群和功能。计算机模拟预测突出了谱系特异性病毒-宿主丰度比和丰度依赖性病毒-宿主相互作用结构。进一步的功能分析揭示了环境条件和水平基因转移在塑造可能参与磷同化的病毒辅助代谢基因中的重要作用。我们的研究结果强调了非生物和生物因素在预测AMD沉积物中病毒的分类学和功能生物学动态方面的重要性。
Recent advances in environmental genomics have provided unprecedented opportunities for the investigation of viruses in natural settings. Yet, our knowledge of viral biogeographic patterns and the corresponding drivers is still limited. Here, we perform metagenomic deep sequencing on 90 acid mine drainage (AMD) sediments sampled across Southern China and examine the biogeography of viruses in this extreme environment. The results demonstrate that prokaryotic communities dictate viral taxonomic and functional diversity, abundance and structure, whereas other factors especially latitude and mean annual temperature also impact viral populations and functions. In silico predictions highlight lineage-specific virus-host abundance ratios and richness-dependent virus-host interaction structure. Further functional analyses reveal important roles of environmental conditions and horizontal gene transfers in shaping viral auxiliary metabolic genes potentially involved in phosphorus assimilation. Our findings underscore the importance of both abiotic and biotic factors in predicting the taxonomic and functional biogeographic dynamics of viruses in the AMD sediments.
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影响因子：
15.5
作者：
Adriaenssens EM;Kramer R;Van Goethem MW;Makhalanyane TP;Hogg I;Cowan DA
通讯作者：
Cowan DA
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts565
发表时间：
2012-12-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Fu L;Niu B;Zhu Z;Wu S;Li W
通讯作者：
Li W
高度分层的硫化矿尾矿中病毒群落与深度相关的变异性
影响因子：
15.5
作者：
Gao, Shao-Ming;Schippers, Axel;Huang, Li-Nan
通讯作者：
Huang, Li-Nan
影响因子：
--
作者：
BRAY, RH;KURTZ, LT
通讯作者：
KURTZ, LT
DOI：
10.1007/s11783-014-0679-4
发表时间：
2015-06-01
影响因子：
6.4
作者：
Fang, Yun;Xu, Meiying;Liu, Xueduan
通讯作者：
Liu, Xueduan