Chromosome Conformation Capture with Deep Sequencing to Study the Roles of the Structural Maintenance of Chromosomes Complex In Vivo.
Chromosome Conformation Capture with Deep Sequencing to Study the Roles of the Structural Maintenance of Chromosomes Complex In Vivo.
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通过深度测序捕获染色体构象，研究体内染色体复合体结构维持的作用。
DOI：
10.1007/978-1-4939-9520-2_9
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发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Le TBK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Le TBK
最近通过深度测序（Hi-C 和其他 C 技术）进行染色体构象捕获的应用使得高通量研究成为可能，并推动了对细菌和真核生物染色体组织的理解的重大进展。 C 技术系统地揭示了相互作用 DNA 的特性以及体内每次相互作用的频率。除了对全球染色体结构进行鸟瞰调查之外，事实证明，C 技术与遗传扰动在理解影响染色体结构的因素方面具有强大的作用。染色体结构维护 (SMC) 蛋白在组织从细菌到人类的染色体方面发挥着重要作用，C 技术有助于了解其机制以及对细胞环境中基因组组织的影响。在这里，我描述了一种 Hi-C 协议，它是 C 技术的一种变体，用于构建细菌的全基因组 DNA 接触图。该方案针对革兰氏阴性细菌新月柄杆菌进行了优化，但它可以轻松适应任何感兴趣的细菌种类。
Recent applications of chromosome conformation capture with deep sequencing (Hi-C and other C techniques) has enabled high-throughput investigations and driven major advances in understanding chromosome organization in bacteria and eukaryotes. C techniques reveal systematically the identities of interacting DNA and the frequency of each interaction in vivo. Beyond a bird’s-eye view survey of the global chromosome architecture, C techniques together with genetic perturbation have proven to be powerful in understanding factors that shape chromosome architectures. The structural maintenance of chromosomes (SMC) proteins play major roles in organizing the chromosomes from bacteria to humans, and C techniques have contributed to understanding their mechanism and impact on genome organization in a cellular context. Here, I describe a Hi-C protocol, a variant of C techniques, to construct genome-wide DNA contact maps for bacteria. This protocol is optimized for the gram-negative bacteriumCaulobacter crescentus, but it can be readily adapted for any bacterial species of interest.
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DOI：
10.1007/978-1-4939-7098-8_7
发表时间：
2017-01-01
期刊：
BACTERIAL NUCLEOID: METHODS AND PROTOCOLS
影响因子：
--
作者：
Marbouty, Martial;Koszul, Romain
通讯作者：
Koszul, Romain
DOI：
--
发表时间：
--
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
64.5
作者：
Rao SS;Huntley MH;Durand NC;Stamenova EK;Bochkov ID;Robinson JT;Sanborn AL;Machol I;Omer AD;Lander ES;Aiden EL
通讯作者：
Aiden EL
结合上下文考虑粘连蛋白和凝缩蛋白
影响因子：
4.5
作者：
Kobe Yuen;J. Gerton
通讯作者：
J. Gerton
DOI：
10.1016/j.ymeth.2017.04.004
发表时间：
2017-07-01
期刊：
Methods (San Diego, Calif.)
影响因子：
--
作者：
Belaghzal H;Dekker J;Gibcus JH
通讯作者：
Gibcus JH