Nelumbo genome database, an integrative resource for gene expression and variants of Nelumbo nucifera.
Nelumbo genome database, an integrative resource for gene expression and variants of Nelumbo nucifera.
复制标题
荷花基因组数据库，荷花基因表达和变体的综合资源
DOI：
10.1038/s41597-021-00828-8
复制
发表时间：
2021-01-29
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Shi T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li H;Yang X;Zhang Y;Gao Z;Liang Y;Chen J;Shi T
神圣的莲花（Nelumbo nucifera 或莲花）是种植最广泛的水生植物物种之一，具有重要用途，例如在水生园艺以及蔬菜和草药中。莲花的公共基因组数据库将有助于对莲花和其他水生植物物种的研究。在这里，我们构建了一个综合数据库：Nelumbo 基因组数据库（NGD，http://nelumbo.biocloud.net）。该数据库是最新的莲花基因组组装的集合，包含不同组织中基因表达和共表达网络的信息。在 NGD 中，我们还整合了 62 个新测序的莲花品种和 26 个先前报道的品种的遗传变异和关键性状，这对于莲花种质研究很有价值。随着BLAST、BLAT、Primer、Annotation Search、Variant and Trait Search等应用程序的部署，用户可以通过NGD进行序列分析和基因搜索。总体而言，NGD提供的宝贵基因组资源将有助于未来莲花群体遗传学和分子育种的研究。
Sacred lotus (Nelumbo nucifera, or lotus) is one of the most widely grown aquatic plant species with important uses, such as in water gardening and in vegetable and herbal medicine. A public genomic database of lotus would facilitate studies of lotus and other aquatic plant species. Here, we constructed an integrative database: the Nelumbo Genome Database (NGD, http://nelumbo.biocloud.net). This database is a collection of the most updated lotus genome assembly and contains information on both gene expression in different tissues and coexpression networks. In the NGD, we also integrated genetic variants and key traits from our 62 newly sequenced lotus cultivars and 26 previously reported cultivars, which are valuable for lotus germplasm studies. As applications including BLAST, BLAT, Primer, Annotation Search, Variant and Trait Search are deployed, users can perform sequence analyses and gene searches via the NGD. Overall, the valuable genomic resources provided in the NGD will facilitate future studies on population genetics and molecular breeding of lotus.
登录
查看更多内容
影响因子：
12.3
作者：
Buels R;Yao E;Diesh CM;Hayes RD;Munoz-Torres M;Helt G;Goodstein DM;Elsik CG;Lewis SE;Stein L;Holmes IH
通讯作者：
Holmes IH
WGCNA：用于加权相关网络分析的 R 包。
影响因子：
3
作者：
Langfelder P;Horvath S
通讯作者：
Horvath S
影响因子：
16.6
作者：
Michael TP;Jupe F;Bemm F;Motley ST;Sandoval JP;Lanz C;Loudet O;Weigel D;Ecker JR
通讯作者：
Ecker JR
PlantTFDB 4.0：成为植物转录因子和调控相互作用的中心枢纽。
影响因子：
14.9
作者：
Jin J;Tian F;Yang DC;Meng YQ;Kong L;Luo J;Gao G
通讯作者：
Gao G
DOI：
10.1073/pnas.0402473101
发表时间：
2004-05-25
影响因子：
11.1
作者：
Gandolfo, MA;Nixon, KC;Crepet, WL
通讯作者：
Crepet, WL