Fully Atomistic Simulations of Protein Unfolding in Low Speed Atomic Force Microscope and Force Clamp Experiments with the Help of Boxed Molecular Dynamics.
Fully Atomistic Simulations of Protein Unfolding in Low Speed Atomic Force Microscope and Force Clamp Experiments with the Help of Boxed Molecular Dynamics.
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借助盒装分子动力学，在低速原子力显微镜和力钳实验中对蛋白质展开进行完全原子模拟。
DOI：
10.1021/acs.jpcb.5b11519
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发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Booth JJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Booth JJ
报道了用原子力显微镜（AFM）在力钳（FC）和速度钳（VC）模式下对蛋白质去折叠过程进行盒动力学（BXD）全原子模拟的结果。在AFM实验中，展开发生在一个时间尺度上，这对于标准的原子分子动力学（MD）模拟来说太长了，MD模拟通常是通过增加超过实验许多数量级的力来进行的。BXD可以达到缓慢解折叠的时间尺度，并对非常高的自由能解折叠路径进行采样，再现拉力对拉伸和拉伸对时间的实验依赖性。计算显示存在的拉力“驼峰”先前观察到的VC AFM实验，并允许鉴定中间蛋白质构象负责他们。完全原子化的BXD模拟可以估计FC实验中的展开速率，时间尺度可达秒。
The results of boxed dynamics (BXD) fully atomistic simulations of protein unfolding by atomic force microscopy (AFM) in both force clamp (FC) and velocity clamp (VC) modes are reported. In AFM experiments the unfolding occurs on a time scale which is too long for standard atomistic molecular dynamics (MD) simulations, which are usually performed with the addition of forces which exceed those of experiment by many orders of magnitude. BXD can reach the time scale of slow unfolding and sample the very high free energy unfolding pathway, reproducing the experimental dependence of pulling force against extension and extension against time. Calculations show the presence of the pulling force “humps” previously observed in the VC AFM experiments and allow the identification of intermediate protein conformations responsible for them. Fully atomistic BXD simulations can estimate the rate of unfolding in the FC experiments up to the time scale of seconds.
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DOI：
10.1073/pnas.98.2.468
发表时间：
2001-01
影响因子：
11.1
作者：
A. Oberhauser;P. Hansma;M. Carrión-Vázquez;Julio M. Fernandez
通讯作者：
A. Oberhauser;P. Hansma;M. Carrión-Vázquez;Julio M. Fernandez
IVR限制单分子反应速率系数的预测方法
DOI：
--
发表时间：
1997
期刊：
影响因子：
--
作者：
D. Shalashilin;D. Thompson
通讯作者：
D. Thompson
影响因子：
3.4
作者：
Mitternacht, Simon;Luccioli, Stefano;Irbaeck, Anders
通讯作者：
Irbaeck, Anders
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影响因子：
2.5
作者：
Z. T. Yew;P. Olmsted;E. Paci
通讯作者：
E. Paci
DOI：
10.1016/j.str.2009.09.001
发表时间：
2009-10-14
期刊：
Structure (London, England : 1993)
影响因子：
--
作者：
Lee EH;Hsin J;Sotomayor M;Comellas G;Schulten K
通讯作者：
Schulten K