Stoichiogenomics: the evolutionary ecology of macromolecular elemental composition.
Stoichiogenomics: the evolutionary ecology of macromolecular elemental composition.
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DOI：
10.1016/j.tree.2010.10.006
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发表时间：
2011-01
影响因子：
16.8
通讯作者：
Kumar S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Elser JJ;Acquisti C;Kumar S
“化学基因组学”这个新领域整合了进化、生态学和生物信息学，揭示了蛋白质和核酸中关键元素（如氮、氮）的差异使用模式。由于典型氨基酸和核苷酸的元素数量不同，由于有限的元素供应，自然选择可能会偏向单体的使用，以降低元素成本。例如，微生物中响应氮限制的蛋白质使用较低比例的富N氨基酸，而植物的蛋白质组和转录组元素含量与动物相比有显著差异，可能是因为元素限制的严重程度不同。在这篇综述中，我们表明，随着这些发现，未来研究的新方向正在出现，特别是通过增加各种元基因组和元转录组数据集的可用性。
The new field of “stoichiogenomics” integrates evolution, ecology, and bioinformatics to reveal surprising patterns of differential usage of key elements (e.g., nitrogen, N) in proteins and nucleic acids. Because the canonical amino acids as well as nucleotides differ in element counts, natural selection due to limited element supplies might bias monomer usage to reduce element costs. For example, proteins that respond to N limitation in microbes use a lower proportion of N-rich amino acids, whereas proteome- and transcriptome-wide element contents differ significantly for plants as compared to animals, likely because of differential severity of element limitations. In this review, we show that with these findings, new directions for future investigations are emerging, particularly via the increasing availability of diverse meta-genomic and meta-transcriptomic data sets.
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影响因子：
56.9
作者：
Baudouin-Cornu, P;Surdin-Kerjan, Y;Thomas, D
通讯作者：
Thomas, D
影响因子：
9.8
作者：
Elser JJ;Hamilton A
通讯作者：
Hamilton A
影响因子：
10.7
作者：
Subramanian, Sankar;Kumar, Sudhir
通讯作者：
Kumar, Sudhir
DOI：
10.1098/rspb.2005.3441
发表时间：
2006-05-22
影响因子：
4.7
作者：
Bragg, Jason G.;Thomas, Dominique;Baudouin-Cornu, Peggy
通讯作者：
Baudouin-Cornu, Peggy
影响因子：
64.8
作者：
Van Mooy, Benjamin A. S.;Fredricks, Helen F.;Webb, Eric A.
通讯作者：
Webb, Eric A.