The DEAD-box protein Dbp2p is linked to noncoding RNAs, the helicase Sen1p, and R-loops.
The DEAD-box protein Dbp2p is linked to noncoding RNAs, the helicase Sen1p, and R-loops.
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DOI：
10.1261/rna.067249.118
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发表时间：
2018-12
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Jankowsky E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tedeschi FA;Cloutier SC;Tran EJ;Jankowsky E
DEAD-box RNA解旋酶Dbp2p在真核生物中高度保守，参与转录、核糖体发生、mRNP组装、核输出和长非编码RNA(LncRNA)功能。目前还不清楚Dbp2p如何发挥这些看似无关的生物学作用。解决这个问题的一个重要步骤是确定Dbp2p的细胞RNA结合位点。在这里，我们使用UV交联、变性串联亲和纯化和下一代测序的方法从酿酒酵母中鉴定了Dbp2p的转录组范围的RNA结合位点。我们发现Dbp2p与mRNAs和核糖体RNAs交联，并显著地与非编码RNAs，包括snoRNA，SnRNAs和tRNAs。在snoRNAs中，Dbp2p优先在3‘端附近的位置进行交联。这些位点与RNA-DNA杂交物(R-环)形成的区域和Sen1p的结合位点相吻合，Sen1p是另一种在转录终止和3‘处理非编码RNA中起作用的RNA解旋酶。我们在体内证明了Dbp2p以RNA不依赖的方式与Sen1p相互作用。Dbp2p与tRNA和其他RNA的交联链也在R-环形成的位置。总的来说，我们的数据将Dbp2p链接到非编码RNA、Sen1p和R-Loop。转录组与R-环的连接为Dbp2p的不同细胞角色提供了一个统一的主题。
The DEAD-box RNA helicase Dbp2p is highly conserved in eukaryotes and has been implicated in transcription, ribosome biogenesis, mRNP assembly, nuclear export, and long noncoding RNA (lncRNA) function. It is not understood how Dbp2p performs these seemingly unrelated biological roles. An important step toward addressing this question is the determination of cellular RNA binding sites of Dbp2p. Here, we identify transcriptome-wide RNA binding sites of Dbp2p from Saccharomyces cerevisiae using UV-crosslinking, denaturing tandem affinity purification, and next generation sequencing. We find that Dbp2p crosslinks to mRNAs and ribosomal RNAs, and markedly to noncoding RNAs, including snoRNA, snRNAs, and tRNAs. In snoRNAs, Dbp2p preferentially crosslinks at sites near the 3′ ends. These sites coincide with regions where RNA–DNA hybrids (R-loops) form and with binding sites of Sen1p, another RNA helicase that functions in transcription termination and 3′ processing of noncoding RNAs. We show that Dbp2p interacts in an RNA-independent manner with Sen1p in vivo. Dbp2p crosslinks to tRNAs and other RNAs also at sites where R-loops form. Collectively, our data link Dbp2p to noncoding RNAs, Sen1p, and R-loops. The transcriptome-wide connection to R-loops provides a unifying theme for diverse cellular roles of Dbp2p.
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影响因子：
4.5
作者：
Chen X;Poorey K;Carver MN;Müller U;Bekiranov S;Auble DT;Brow DA
通讯作者：
Brow DA
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4.8
作者：
Huppertz, Ina;Attig, Jan;D'Ambrogio, Andrea;Easton, Laura E.;Sibley, Christopher R.;Sugimoto, Yoichiro;Tajnik, Mojca;Koenig, Julian;Ule, Jernej
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Ule, Jernej
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16.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
4.5
作者：
Fox MJ;Gao H;Smith-Kinnaman WR;Liu Y;Mosley AL
通讯作者：
Mosley AL
DOI：
10.1073/pnas.83.22.8575
发表时间：
1986-11-01
影响因子：
11.1
作者：
KUNKEL, GR;MASER, RL;PEDERSON, T
通讯作者：
PEDERSON, T