Network representations and methods for the analysis of chemical and biochemical pathways.
Network representations and methods for the analysis of chemical and biochemical pathways.
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DOI：
10.1039/c3mb70052f
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发表时间：
2013-09
影响因子：
--
通讯作者：
Schnell S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sandefur CI;Mincheva M;Schnell S
系统生物学家越来越多地使用网络表示来研究生化途径及其动态行为。在这篇批判性评论中，我们讨论了化学和生化途径的四种常用网络表示。我们说明了其中一些表示如何降低网络复杂性，但导致生化途径的表示不明确。我们还研究了当前可用于研究化学和生化网络动态行为的理论方法。最后，我们描述了如何使用网络挖掘和功能映射方法来识别负责紧急动态行为的关键化学和生化途径。
Systems biologists increasingly use network representations to investigate biochemical pathways and their dynamic behaviours. In this critical review, we discuss four commonly used network representations of chemical and biochemical pathways. We illustrate how some of these representations reduce network complexity but result in the ambiguous representation of biochemical pathways. We also examine the current theoretical approaches available to investigate the dynamic behaviour of chemical and biochemical networks. Finally, we describe how the critical chemical and biochemical pathways responsible for emergent dynamic behaviour can be identified using network mining and functional mapping approaches.
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影响因子：
12.4
作者：
Bashor CJ;Horwitz AA;Peisajovich SG;Lim WA
通讯作者：
Lim WA
DOI：
10.1098/rspb.1995.0153
发表时间：
1995-09-22
影响因子：
4.7
作者：
GOLDBETER, A
通讯作者：
GOLDBETER, A
影响因子：
64.5
作者：
Ferrell, James E., Jr.;Tsai, Tony Yu-Chen;Yang, Qiong
通讯作者：
Yang, Qiong
影响因子：
64.8
作者：
Jeong, H;Mason, SP;Oltvai, ZN
通讯作者：
Oltvai, ZN
影响因子：
4.3
作者：
Hornung G;Barkai N
通讯作者：
Barkai N