PWMScan: a fast tool for scanning entire genomes with a position-specific weight matrix.
PWMScan: a fast tool for scanning entire genomes with a position-specific weight matrix.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bty127
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发表时间：
2018-07-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Bucher P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ambrosini G;Groux R;Bucher P
转录因子通过与5-20 bp的特异性短DNA序列结合来调节遗传信息从DNA到信使RNA的转录速率，从而调节基因表达。我们提出了PWMScan，一个快速的基于Web的工具，扫描服务器驻留的基因组匹配用户提供的PWM或转录因子结合位点模型从公共数据库。Web服务器和源代码可分别在http://ccg.vital-it.ch/pwmscan和https：//sourceforge.net/projects/sourcemscan上获得。 补充数据可在Bioinformatics在线获得。
Transcription factors regulate gene expression by binding to specific short DNA sequences of 5–20 bp to regulate the rate of transcription of genetic information from DNA to messenger RNA. We present PWMScan, a fast web-based tool to scan server-resident genomes for matches to a user-supplied PWM or transcription factor binding site model from a public database. The web server and source code are available at http://ccg.vital-it.ch/pwmscan and https://sourceforge.net/projects/pwmscan, respectively. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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通讯作者：
Bucher, Philipp
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