Five amino acids in three HLA proteins explain most of the association between MHC and seropositive rheumatoid arthritis.
Five amino acids in three HLA proteins explain most of the association between MHC and seropositive rheumatoid arthritis.
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DOI：
10.1038/ng.1076
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发表时间：
2012-01-29
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
de Bakker, Paul I. W.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Raychaudhuri, Soumya;Sandor, Cynthia;Stahl, Eli A.;Freudenberg, Jan;Lee, Hye-Soon;Jia, Xiaoming;Alfredsson, Lars;Padyukov, Leonid;Klareskog, Lars;Worthington, Jane;Siminovitch, Katherine A.;Bae, Sang-Cheol;Plenge, Robert M.;Gregersen, Peter K.;de Bakker, Paul I. W.
主要组织相容性复合体（MHC）与类风湿性关节炎风险的遗传关联通常归因于HLA-DRB 1等位基因。然而，关于HLA-DRB 1中的因果变异以及MHC中其他地方的独立效应的存在仍然存在争议。利用5,018例血清学阳性病例和14,974例对照的现有全基因组SNP数据，我们估算并测试了HLA-A、B、C、DPA 1、DPB 1、DQA 1、DQB 1和DRB 1的经典等位基因和氨基酸多态性，沿着整个MHC的3,117个SNP。条件分析和单倍型分析显示，HLA-DRβ1的3个氨基酸位点（11、71和74），以及HLA-B（9位）和HLA-DPβ1（9位）的单氨基酸多态性（均位于肽结合沟）几乎完全解释了MHC与疾病风险的相关性。这项研究说明了如何从大的参考面板的功能变异插补可以帮助精细映射的MHC中的关联信号。
The genetic association of the major histocompatibility complex (MHC) to rheumatoid arthritis risk has commonly been attributed to HLA-DRB1 alleles. Yet controversy persists about the causal variants in HLA-DRB1 and the presence of independent effects elsewhere in the MHC. Using existing genome-wide SNP data in 5,018 seropositive cases and 14,974 controls, we imputed and tested classical alleles and amino acid polymorphisms for HLA-A, B, C, DPA1, DPB1, DQA1, DQB1, and DRB1 along with 3,117 SNPs across the MHC. Conditional and haplotype analyses reveal that three amino acid positions (11, 71 and 74) in HLA-DRβ1, and single amino acid polymorphisms in HLA-B (position 9) and HLA-DPβ1 (position 9), all located in the peptide-binding grooves, almost completely explain the MHC association to disease risk. This study illustrates how imputation of functional variation from large reference panels can help fine-map association signals in the MHC.
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影响因子：
--
作者：
Ding, Bo;Padyukov, Leonid;Lundstrom, Emeli;Seielstad, Mark;Plenge, Robert M.;Oksenberg, Jorge R.;Gregersen, Peter K.;Alfredsson, Lars;Klareskog, Lars
通讯作者：
Klareskog, Lars
影响因子：
--
作者：
Freudenberg, Jan;Lee, Hye-Soon;Bae, Sang-Cheol
通讯作者：
Bae, Sang-Cheol
DOI：
10.1111/j.1463-1326.2008.00997.x
发表时间：
2009-02
期刊：
Diabetes, obesity & metabolism
影响因子：
--
作者：
Brown WM;Pierce J;Hilner JE;Perdue LH;Lohman K;Li L;Venkatesh RB;Hunt S;Mychaleckyj JC;Deloukas P;Type 1 Diabetes Genetics Consortium
通讯作者：
Type 1 Diabetes Genetics Consortium
影响因子：
30.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
3
作者：
Pettersen, EF;Goddard, TD;Ferrin, TE
通讯作者：
Ferrin, TE