ZipSeq: barcoding for real-time mapping of single cell transcriptomes.
ZipSeq: barcoding for real-time mapping of single cell transcriptomes.
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ZipSeq：用于实时绘制单细胞转录本的条形码。
DOI：
10.1038/s41592-020-0880-2
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发表时间：
2020-08
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Krummel MF
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hu KH;Eichorst JP;McGinnis CS;Patterson DM;Chow ED;Kersten K;Jameson SC;Gartner ZJ;Rao AA;Krummel MF
空间转录组学旨在将单细胞转录组学数据整合到多细胞生物学的三维空间中。目前的方法使用预先接种有条形码基质的玻璃基底或有限数量的探针的荧光杂交。我们开发了一种称为“ZipSeq”的替代方法，该方法使用图案化照明和光笼寡核苷酸将条形码（Zipcodes）实时连续打印到完整组织内的活细胞上，并进行模式的动态选择。使用ZipSeq，我们绘制了三种环境中的基因表达：体外伤口愈合，活淋巴结切片和活肿瘤微环境（TME）。在所有病例中，我们发现了与组织结构相关的新基因表达模式。在TME中，这证明了髓样和T细胞分化的轨迹，从外周向内。ZipSeq的组合变体在定义的区域的数量上有效地缩放，在实时成像或扰动之后提供用于完整映射活组织的途径。
Spatial transcriptomics seeks to integrate single-cell transcriptomic data within the 3-dimensional space of multicellular biology. Current methods use glass substrates pre-seeded with matrices of barcodes or fluorescence hybridization of a limited number of probes. We developed an alternative approach, called ‘ZipSeq’, that uses patterned illumination and photocaged oligonucleotides to serially print barcodes (Zipcodes) onto live cells within intact tissues, in real-time and with on-the-fly selection of patterns. Using ZipSeq, we mapped gene expression in three settings: in-vitro wound healing, live lymph node sections and in a live tumor microenvironment (TME). In all cases, we discovered new gene expression patterns associated with histological structures. In the TME, this demonstrated a trajectory of myeloid and T cell differentiation, from periphery inward. A combinatorial variation of ZipSeq efficiently scales in number of regions defined, providing a pathway for complete mapping of live tissues, subsequent to real-time imaging or perturbation.
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