Synthesis and assembly of full-length cyanophage A-4L genome.
Synthesis and assembly of full-length cyanophage A-4L genome.
复制标题
全长噬藻体 A-4L 基因组的合成和组装
DOI：
10.1016/j.synbio.2022.12.004
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发表时间：
2023-03
影响因子：
4.8
通讯作者：
Jiang, Jianlan
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang, Ting;Feng, Jia;Ge, Pingbo;Li, Guorui;Zhang, Jiabao;Zhou, Jianting;Jiang, Jianlan
人工噬藻体被认为是控制蓝藻水华的一种有效的生物方法。然而，没有合成的噬藻体基因组已经构建，其障碍尚不清楚。在这里，我们调查了噬藻体A-4L的一段16 kb长的序列，在大肠杆菌中是不可克隆的。我们测试了噬藻体A-4L的12个预测的启动子，这些启动子在E.杆菌接下来，我们筛选了8个阻碍中间DNA片段在E.在16 kb序列中有7个ORF不能在大肠杆菌中单独克隆。杆菌利用低拷贝载体成功克隆了高拷贝质粒中所有不可克隆的ORF，表明这些ORF具有拷贝数依赖性。我们提出了一种放弃启动子和起始密码子的克隆策略，可以应用于不可克隆的ORF。最后，我们从头合成并组装了噬藻体A-4L的全长基因组。这项工作加深了对合成噬藻体研究的理解。
Artificial cyanophages are considered to be an effective biological method to control harmful cyanobacterial bloom. However, no synthetic cyanophage genome has been constructed and where its obstacles are unclear. Here, we survey a stretch of 16 kb length sequence of cyanophage A-4L that is unclonable in Escherichia coli. We test 12 predicted promoters of cyanophage A-4L which were verified all active in E. coli. Next, we screen for eight ORFs that hindered the assembly of intermediate DNA fragments in E. coli and describe that seven ORFs in the 16 kb sequence could not be separately cloned in E. coli. All of unclonable ORFs in high-copy-number plasmid were successfully cloned using low-copy-number vector, suggesting that these ORFs were copy-number-dependent. We propose a clone strategy abandoned the promotor and the start codon that could be applied for unclonable ORFs. Last, we de novo synthesized and assembled the full-length genome of cyanophage A-4L. This work deepens the understanding of synthetic cyanophages studies.
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