Toward a complete in silico, multi-layered embryonic stem cell regulatory network.
Toward a complete in silico, multi-layered embryonic stem cell regulatory network.
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DOI：
10.1002/wsbm.93
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发表时间：
2010-11
影响因子：
7.9
通讯作者：
Ma'ayan, Avi
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xu, Huilei;Schaniel, Christoph;Lemischka, Ihor R.;Ma'ayan, Avi
最近在系统分析胚胎干细胞方面的努力已经产生了丰富的高通量数据。此外，新兴的数据库和计算工具促进了胚胎干细胞的研究，并进一步为包含多个分子层的调控网络的计算机重建铺平了道路。在这里，我们简要介绍了用于组织和分析高通量实验数据的数据库、算法和软件工具，这些数据收集于研究哺乳动物细胞系统，重点是胚胎干细胞。讨论了利用异构数据重建完整的多层ES细胞调控网络的愿景。这篇综述还提供了一个人工提取的数据集，这些数据集来自低通量实验胚胎干细胞研究，可在http://amp.pharm.mssm.edu/iscmid/literature上获得。
Recent efforts in systematically profiling embryonic stem (ES) cells have yielded a wealth of high-throughput data. Complementarily, emerging databases and computational tools facilitate ES cell studies and further pave the way toward the in silico reconstruction of regulatory networks encompassing multiple molecular layers. Here, we briefly survey databases, algorithms, and software tools used to organize and analyze high-throughput experimental data collected to study mammalian cellular systems with a focus on ES cells. The vision of using heterogeneous data to reconstruct a complete multilayered ES cell regulatory network is discussed. This review also provides an accompanying manually extracted dataset of different types of regulatory interactions from low-throughput experimental ES cell studies available at http://amp.pharm.mssm.edu/iscmid/literature.
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