The Natural Products Atlas 2.0: a database of microbially-derived natural products.
The Natural Products Atlas 2.0: a database of microbially-derived natural products.
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天然产物图谱2.0：微生物衍生的天然产物数据库。
DOI：
10.1093/nar/gkab941
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发表时间：
2022-01-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Linington RG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
van Santen JA;Poynton EF;Iskakova D;McMann E;Alsup TA;Clark TN;Fergusson CH;Fewer DP;Hughes AH;McCadden CA;Parra J;Soldatou S;Rudolf JD;Janssen EM;Duncan KR;Linington RG
在天然产物领域，越来越重视对微生物来源的化合物的研究。这是由于人们对微生物在介导种间相互作用和宿主-微生物关系方面所起的核心作用感兴趣。为了支持微生物产生的天然产物化学研究，我们于2019年发布了天然产物图谱，这是一个已知微生物天然产物结构的数据库。本文报道了新版本的数据库的发布，其中包括一个完整的REST风格的应用程序编程接口（API），一个新的网站框架，以及一个扩展的数据库，其中包括8128个新的化合物，使总数达到32552。除了这些结构和内容的变化，我们还增加了所有微生物分类群的完整分类描述，并增加了NP Classifier和ClassyFire的化学本体术语。我们还执行了手动策展，以审查所有配置分配不完整的条目，并整合了来自外部资源（包括CyanoMetDB）的数据。最后，我们通过更新Overview仪表板和创建分类起源仪表板来改善用户体验。该数据库可通过新的互动网站https://www.npatlas.org进入。
Within the natural products field there is an increasing emphasis on the study of compounds from microbial sources. This has been fuelled by interest in the central role that microorganisms play in mediating both interspecies interactions and host-microbe relationships. To support the study of natural products chemistry produced by microorganisms we released the Natural Products Atlas, a database of known microbial natural products structures, in 2019. This paper reports the release of a new version of the database which includes a full RESTful application programming interface (API), a new website framework, and an expanded database that includes 8128 new compounds, bringing the total to 32 552. In addition to these structural and content changes we have added full taxonomic descriptions for all microbial taxa and have added chemical ontology terms from both NP Classifier and ClassyFire. We have also performed manual curation to review all entries with incomplete configurational assignments and have integrated data from external resources, including CyanoMetDB. Finally, we have improved the user experience by updating the Overview dashboard and creating a dashboard for taxonomic origin. The database can be accessed via the new interactive website at https://www.npatlas.org.
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影响因子：
14.9
作者：
Davies M;Nowotka M;Papadatos G;Dedman N;Gaulton A;Atkinson F;Bellis L;Overington JP
通讯作者：
Overington JP
影响因子：
11.9
作者：
Rudolf JD;Alsup TA;Xu B;Li Z
通讯作者：
Li Z
影响因子：
8.6
作者：
Djoumbou Feunang Y;Eisner R;Knox C;Chepelev L;Hastings J;Owen G;Fahy E;Steinbeck C;Subramanian S;Bolton E;Greiner R;Wishart DS
通讯作者：
Wishart DS
影响因子：
8.6
作者：
Sorokina M;Merseburger P;Rajan K;Yirik MA;Steinbeck C
通讯作者：
Steinbeck C
DOI：
10.1099/ijsem.0.004332
发表时间：
2020-11
影响因子：
2.8
作者：
Parte AC;Sardà Carbasse J;Meier-Kolthoff JP;Reimer LC;Göker M
通讯作者：
Göker M