Poly(a) selection introduces bias and undue noise in direct RNA-sequencing.
Poly(a) selection introduces bias and undue noise in direct RNA-sequencing.
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DOI：
10.1186/s12864-022-08762-8
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发表时间：
2022-07-22
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Arribere, Joshua A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Viscardi, Marcus J.;Arribere, Joshua A.
全基因组RNA测序技术对各种诊断和研究应用越来越重要。RNA-seq用户通常首先富集mRNA，最流行的富集方法是poly（A）选择。在许多应用中，众所周知的是，聚（A）选择通过选择长尾mRNA种类来使转录组的观点偏向。在这里，我们表明poly（A）选择偏向牛津纳米孔直接RNA测序。正如预期的那样，poly（A）选择使测序的mRNA倾向于更长的poly（A）尾长度。有趣的是，我们鉴定了一群mRNA（> 10%的基因mRNA），由于高度可变的poly（A）尾，它们不一致地被poly（A）选择捕获，并在我们的手中和已发表的数据中证明了这种现象。重要的是，我们表明poly（A）选择对于Oxford Nanopore的直接RNA-seq技术是可行的，并且证明了在没有poly（A）选择的情况下成功的文库构建，减少了输入，并且没有质量损失。我们的工作通过验证使用总RNA作为输入来扩展直接RNA-seq的实用性，并展示了来自poly（A）选择的重要技术伪影，这些伪影不一致地扭曲mRNA表达和poly（A）尾长测量。在线版本包含补充材料，可通过10.1186/s12864-022-08762-8获得。
Genome-wide RNA-sequencing technologies are increasingly critical to a wide variety of diagnostic and research applications. RNA-seq users often first enrich for mRNA, with the most popular enrichment method being poly(A) selection. In many applications it is well-known that poly(A) selection biases the view of the transcriptome by selecting for longer tailed mRNA species. Here, we show that poly(A) selection biases Oxford Nanopore direct RNA sequencing. As expected, poly(A) selection skews sequenced mRNAs toward longer poly(A) tail lengths. Interestingly, we identify a population of mRNAs (> 10% of genes’ mRNAs) that are inconsistently captured by poly(A) selection due to highly variable poly(A) tails, and demonstrate this phenomenon in our hands and in published data. Importantly, we show poly(A) selection is dispensable for Oxford Nanopore’s direct RNA-seq technique, and demonstrate successful library construction without poly(A) selection, with decreased input, and without loss of quality. Our work expands the utility of direct RNA-seq by validating the use of total RNA as input, and demonstrates important technical artifacts from poly(A) selection that inconsistently skew mRNA expression and poly(A) tail length measurements. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s12864-022-08762-8.
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DOI：
10.1109/tvcg.2014.2346248
发表时间：
2014-12
影响因子：
5.2
作者：
Lex A;Gehlenborg N;Strobelt H;Vuillemot R;Pfister H
通讯作者：
Pfister H
影响因子：
5.8
作者：
Li, Heng
通讯作者：
Li, Heng
影响因子：
16.6
作者：
Tudek A;Krawczyk PS;Mroczek S;Tomecki R;Turtola M;Matylla-Kulińska K;Jensen TH;Dziembowski A
通讯作者：
Dziembowski A
影响因子：
16
作者：
Park, Jong-Eun;Yi, Hyerim;Kim, V. Narry
通讯作者：
Kim, V. Narry
RNA-seq 文库制备中的偏差：当前的挑战和解决方案
影响因子：
--
作者：
Shi H;Zhou Y;Jia E;Pan M;Bai Y;Ge Q
通讯作者：
Ge Q