Inferring population history with DIY ABC: a user-friendly approach to approximate Bayesian computation.
Inferring population history with DIY ABC: a user-friendly approach to approximate Bayesian computation.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btn514
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发表时间：
2008-12-01
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Estoup, Arnaud
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cornuet, Jean-Marie;Santos, Filipe;Beaumont, Mark A.;Robert, Christian P.;Marin, Jean-Michel;Balding, David J.;Guillemaud, Thomas;Estoup, Arnaud
摘要：从种群样本中获得的遗传数据传达了有关其进化历史的信息。推理方法可以提取部分信息，但它们需要复杂的统计技术，生物学家社区（通过计算机程序）只能用于简单和标准的情况，通常涉及少量样本。在这里，我们提出了一个计算机程序（DIY ABC）的推理的基础上近似贝叶斯计算（ABC），在其中的情况下，可以由用户定制，以适应许多复杂的情况，涉及任何数量的人口和样本。这种假设涉及种群分化、混合和种群规模变化的任何组合。DIY ABC可用于比较相互竞争的设想方案，估计一种或多种设想方案的参数，并计算给定设想方案和已知参数值的偏差和精确度（当前版本适用于未链接的微型卫星数据）。本文介绍了该程序中使用的关键方法，并提供了其主要功能。一个模拟和一个真实的数据集的分析，都与复杂的进化场景，说明了DIY ABC的主要可能性。可用性：软件DIY ABC可在http://www.montpellier.inra.fr/CBGP/diyabc免费获得。联系人：j. imperial.ac.uk补充信息：补充数据也可在http://www.montpellier.inra.fr/CBGP/diyabc上获得
Summary: Genetic data obtained on population samples convey information about their evolutionary history. Inference methods can extract part of this information but they require sophisticated statistical techniques that have been made available to the biologist community (through computer programs) only for simple and standard situations typically involving a small number of samples. We propose here a computer program (DIY ABC) for inference based on approximate Bayesian computation (ABC), in which scenarios can be customized by the user to fit many complex situations involving any number of populations and samples. Such scenarios involve any combination of population divergences, admixtures and population size changes. DIY ABC can be used to compare competing scenarios, estimate parameters for one or more scenarios and compute bias and precision measures for a given scenario and known values of parameters (the current version applies to unlinked microsatellite data). This article describes key methods used in the program and provides its main features. The analysis of one simulated and one real dataset, both with complex evolutionary scenarios, illustrates the main possibilities of DIY ABC. Availability: The software DIY ABC is freely available at http://www.montpellier.inra.fr/CBGP/diyabc. Contact: j.cornuet@imperial.ac.uk Supplementary information: Supplementary data are also available at http://www.montpellier.inra.fr/CBGP/diyabc
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影响因子：
64.8
作者：
Dib, C;Faure, S;Weissenbach, J
通讯作者：
Weissenbach, J
影响因子：
4.9
作者：
Garza, JC;Williamson, EG
通讯作者：
Williamson, EG
影响因子：
3.3
作者：
Excoffier, L;Estoup, A;Cornuet, JM
通讯作者：
Cornuet, JM
DOI：
10.1073/pnas.102583399
发表时间：
2002-06-11
影响因子：
11.1
作者：
Clegg, SM;Degnan, SM;Owens, IPF
通讯作者：
Owens, IPF
影响因子：
1.2
作者：
De Iorio, M;Griffiths, RC
通讯作者：
Griffiths, RC