Transcriptome analysis of Gerbera hybrida ray florets: putative genes associated with gibberellin metabolism and signal transduction.
Transcriptome analysis of Gerbera hybrida ray florets: putative genes associated with gibberellin metabolism and signal transduction.
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非洲菊射线花的转录组分析：与赤霉素代谢和信号转导相关的推定基因
DOI：
10.1371/journal.pone.0057715
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Wang X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kuang Q;Li L;Peng J;Sun S;Wang X
在这项研究中，非洲菊射线小花的转录组构建使用高通量Illumina测序平台。过滤和组装后，从总共72，688，546个初级读数中生成了所有47，104个平均长度为845 nt且N50等于1321 nt的UniGenes。在去除外源污染序列后，通过与非冗余的国家生物技术信息中心（NCBI）蛋白质（Nr）、非冗余的NCBI核苷酸（Nt）、基因本体（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）数据库进行比较来注释总共36，693个转录物。大多数与赤霉素代谢和信号转导相关的基因被鉴定。并列举了其它植物激素信号转导的靶点。我们的研究提供了一个系统的概述激素信号转导基因参与射线花发育菊科，并应促进进一步了解植物激素在植物生长中的关键作用。
In this study, the transcriptome of the Gerbera hybrida ray floret was constructed using a high-throughput Illumina sequencing platform. All 47,104 UniGenes with an average length of 845 nt and an N50 equaling 1321 nt were generated from 72,688,546 total primary reads after filtering and assembly. A total of 36,693 transcripts were annotated by comparison with non-redundant National Center for Biotechnology Information (NCBI) protein (Nr), non-redundant NCBI nucleotide (Nt), Gene Ontology (GO), and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) databases after removing exogenous contaminated sequences. The majority of the genes that are associated with gibberellin metabolism and signal transduction were identified. The targets for signal transduction of other plant hormones were also enumerated. Our study provides a systematic overview of the hormone signal transduction genes that are involved in ray floral development in Asteraceae and should facilitate further understanding of the crucial roles of phytohormones in plant growth.
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影响因子：
5.3
作者：
Laitinen RA;Broholm S;Albert VA;Teeri TH;Elomaa P
通讯作者：
Elomaa P
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作者：
Broholm SK;Pöllänen E;Ruokolainen S;Tähtiharju S;Kotilainen M;Albert VA;Elomaa P;Teeri TH
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Hirano, Ko;Asano, Kenji;Matsuoka, Makoto
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Elomaa, P
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作者：
Achard, Patrick;Gusti, Andi;Genschik, Pascal
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Genschik, Pascal