Persistence of environmental DNA in marine systems.
Persistence of environmental DNA in marine systems.
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DOI：
10.1038/s42003-018-0192-6
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发表时间：
2018
影响因子：
5.9
通讯作者：
Genner MJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Collins RA;Wangensteen OS;O'Gorman EJ;Mariani S;Sims DW;Genner MJ
随着环境DNA（eDNA）成为海洋生态系统监测的一种越来越有价值的资源，了解其在不同环境中的持久性变化至关重要。在这里，我们量化的分解macrobial eDNA在当地极端条件下的时空轴，从海洋影响的近海城市近岸，冬季和夏季之间。我们报告说，eDNA在近岸环境中的降解速度是离岸环境的1.6倍，但与预期相反，我们发现季节性差异不大。环境协变量的分析表明，盐度的空间梯度和pH值的时间梯度，与盐度或生物相关的最重要的。根据我们估计的近岸eDNA半衰期和自然发生的eDNA浓度，我们估计，eDNA可能会被检测到约48小时，提供潜在的收集生态社区数据的高度本地保真度。我们的结论是将这些结果放在以前发表的eDNA衰变率的背景下。鲁珀特A.柯林斯等人的研究表明，在近海城市环境中，环境DNA的降解速度比受海洋影响的近海环境更快。这项研究表明，环境DNA可以可靠地检测两天，提供了一个最佳的时间窗口，高度本地保真度。
As environmental DNA (eDNA) becomes an increasingly valuable resource for marine ecosystem monitoring, understanding variation in its persistence across contrasting environments is critical. Here, we quantify the breakdown of macrobial eDNA over a spatio-temporal axis of locally extreme conditions, varying from ocean-influenced offshore to urban-inshore, and between winter and summer. We report that eDNA degrades 1.6 times faster in the inshore environment than the offshore environment, but contrary to expectation we find no difference over season. Analysis of environmental covariables show a spatial gradient of salinity and a temporal gradient of pH, with salinity—or the biotic correlates thereof—most important. Based on our estimated inshore eDNA half-life and naturally occurring eDNA concentrations, we estimate that eDNA may be detected for around 48 h, offering potential to collect ecological community data of high local fidelity. We conclude by placing these results in the context of previously published eDNA decay rates. Rupert A. Collins et al. show that environmental DNA degrades faster in the inshore urban environment than the ocean-influenced offshore environment. This study suggests that environmental DNA can be reliably detected for two days, providing an optimal time window of high local fidelity.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu239
发表时间：
2014-08-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
McCall MN;McMurray HR;Land H;Almudevar A
通讯作者：
Almudevar A
使用实时PCR提高低水平DNA分析可靠性的途径。
影响因子：
3.5
作者：
Ellison SL;English CA;Burns MJ;Keer JT
通讯作者：
Keer JT
影响因子：
4.4
作者：
Dell'Anno, A;Corinaldesi, C
通讯作者：
Corinaldesi, C
影响因子：
2.7
作者：
Kelly, Ryan P.;Gallego, Ramon;Jacobs-Palmer, Emily
通讯作者：
Jacobs-Palmer, Emily
影响因子：
4.6
作者：
Bakker J;Wangensteen OS;Chapman DD;Boussarie G;Buddo D;Guttridge TL;Hertler H;Mouillot D;Vigliola L;Mariani S
通讯作者：
Mariani S