Impact of different SARS-CoV-2 assays on laboratory turnaround time.
Impact of different SARS-CoV-2 assays on laboratory turnaround time.
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DOI：
10.1099/jmm.0.001280
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发表时间：
2021-05
影响因子：
3
通讯作者：
Greub G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Marquis B;Opota O;Jaton K;Greub G
由于SARS-CoV-2病毒的出现，临床微生物学实验室不得不科普检测量的增加。短周转时间（TAT）对于病例追踪和帮助临床医生进行患者管理非常重要。在这种情况下，高通量系统对于处理大量测试至关重要。还需要快速检测，以确保在紧急情况下缩短TAT。在我们的实验室中，SARS-CoV-2检测最初是使用先前公布的方法在我们的定制平台上实施的。商业cobas 6800（Roche diagnostics）检测试剂盒和GeneXpert Xpress（Cepheid）SARS-CoV-2检测试剂盒分别于2020年3月24日和4月8日尽快实施。尽管有大量关于SARS-CoV-2检测的文献，但文章主要集中在诊断性能上。据我们所知，这是第一篇专门研究不同检测试剂的达特的文章。我们的目的是描述各种SARS-CoV-2检测对达特的影响，在爆发的开始。在这项研究中，我们回顾性分析了2020年2月24日至6月9日在我们中心进行的所有SARS-CoV-2检测的达特。我们检索了33900项分析，中达特为6.25小时。 仅使用我们的定制平台时（2020年2月24日至3月24日），TAT最高（6.9小时）。当cobas系统引入时（2020年3月24日至4月8日），它们被减少到6.1小时。GeneXpert的实施进一步将中达特降至4.8小时（2020年4月8日至6月9日）。GeneXpert系统的中达特最短（1.9小时），其次是cobas（5.5小时）和我们的定制平台（6.9小时）。这项工作表明，高通量系统和快速测试的结合，可以有效地处理大量的测试与短达特。此外，使用自定义平台可以在商业检测方法尚不可用时快速实施内部检测。
Clinical microbiology laboratories have had to cope with an increase in the volume of tests due to the emergence of the SARS-CoV-2 virus. Short turnaround times (TATs) are important for case tracing and to help clinicians in patient management. In such a context, high-throughput systems are essential to process the bulk of the tests. Rapid tests are also required to ensure shorter TATs for urgent situations. In our laboratory, SARS-CoV-2 assays were initially implemented on our custom platform using a previously published method. The commercial cobas 6800 (Roche diagnostics) assay and the GeneXpert Xpress (Cepheid) SARS-CoV-2 assay were implemented on 24 March and 8 April 2020, respectively, as soon as available. Despite the abundant literature on SARS-CoV-2 assays, the articles focus mainly on the diagnostic performances. This is to our knowledge the first article that specifically studies the TAT of different assays. We aimed to describe the impact of various SARS-CoV-2 assays on the TAT at the beginning of the outbreak. In this study, we retrospectively analysed the TAT of all SARS-CoV-2 assays performed in our centre between 24 February and 9 June, 2020. We retrieved 33 900 analyses, with a median TAT of 6.25 h. TATs were highest (6.9 h) when only our custom platform was used (24 February to 24 March, 2020). They were reduced to 6.1 h when the cobas system was introduced (24 March to 8 April, 2020). The implementation of the GeneXpert further reduced the median TAT to 4.8 h (8 April to 9 June, 2020). The GeneXpert system had the shortest median TAT (1.9 h), followed by the cobas (5.5 h) and by our custom platform (6.9 h). This work shows that the combination of high-throughput systems and rapid tests allows the efficient processing of a large number of tests with a short TAT. In addition, the use of a custom platform allowed the quick implementation of an in-house test when commercial assays were not yet available.
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