Avoiding misleading estimates using mtDNA heteroplasmy statistics to study bottleneck size and selection.
Avoiding misleading estimates using mtDNA heteroplasmy statistics to study bottleneck size and selection.
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DOI：
10.1093/g3journal/jkad068
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发表时间：
2023-06-01
期刊：
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通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
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作者：
线粒体DNA异质性样本可以揭示塑造线粒体DNA种群的重要发育和遗传过程。一组异质性观测的样本均值和样本方差通常用于估计瓶颈大小，并在寻找线粒体DNA选择的证据时对理论上的“木村”分布进行拟合。然而，每一种应用都会带来问题。样本统计通常不能提供木村分布的最优拟合，因此在假设检验中可能会给出误导性的结果，包括选择的假阳性信号。使用样本方差可能会对瓶颈大小估计产生误导性的结果，特别是对于小样本。这些问题可能也确实会导致线粒体DNA机制的假阳性结果——我们重新分析的所有已发表的实验数据集，报告显示与木村模型的偏离，实际上并没有提供这种偏离的证据。在这里，我们概述了一种最大似然方法，它在计算上很容易实现，并解决了所有这些问题。对于正在进行的线粒体DNA异质性研究，我们提倡使用最大似然拟合和明确的假设检验，而不是通过汇总统计进行拟合和Kolmogorov-Smirnov检验。
Mitochondrial DNA heteroplasmy samples can shed light on vital developmental and genetic processes shaping mitochondrial DNA populations. The sample means and sample variance of a set of heteroplasmy observations are typically used both to estimate bottleneck sizes and to perform fits to the theoretical “Kimura” distribution in seeking evidence for mitochondrial DNA selection. However, each of these applications raises problems. Sample statistics do not generally provide optimal fits to the Kimura distribution and so can give misleading results in hypothesis testing, including false positive signals of selection. Using sample variance can give misleading results for bottleneck size estimates, particularly for small samples. These issues can and do lead to false positive results for mitochondrial DNA mechanisms—all published experimental datasets we re-analyzed, reported as displaying departures from the Kimura model, do not in fact give evidence for such departures. Here we outline a maximum likelihood approach that is simple to implement computationally and addresses all of these issues. We advocate the use of maximum likelihood fits and explicit hypothesis tests, not fits and Kolmogorov–Smirnov tests via summary statistics, for ongoing work with mitochondrial DNA heteroplasmy.
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影响因子：
8.8
作者：
Burgstaller JP;Johnston IG;Jones NS;Albrechtová J;Kolbe T;Vogl C;Futschik A;Mayrhofer C;Klein D;Sabitzer S;Blattner M;Gülly C;Poulton J;Rülicke T;Piálek J;Steinborn R;Brem G
通讯作者：
Brem G
影响因子：
9.8
作者：
Brown, DT;Samuels, DC;Chinnery, PF
通讯作者：
Chinnery, PF
DOI：
10.1073/pnas.2122073119
发表时间：
2022-12-06
影响因子：
11.1
作者：
Imsalata, Ferdinando;Hoitzing, Hanne;Aryaman, Juvid;Jones, Nick S.
通讯作者：
Jones, Nick S.
影响因子：
30.8
作者：
Freyer, Christoph;Cree, Lynsey M.;Mourier, Arnaud;Stewart, James B.;Koolmeister, Camilla;Milenkovic, Dusanka;Wai, Timothy;Floros, Vasileios I.;Hagstrom, Erik;Chatzidaki, Emmanouella E.;Wiesner, Rudolf J.;Samuels, David C.;Larsson, Nils-Goeran;Chinnery, Patrick F.
通讯作者：
Chinnery, Patrick F.
避免有或没有种系瓶颈的真核生物的细胞器突变崩溃。
影响因子：
9.8
作者：
Edwards DM;Røyrvik EC;Chustecki JM;Giannakis K;Glastad RC;Radzvilavicius AL;Johnston IG
通讯作者：
Johnston IG