MLGO: phylogeny reconstruction and ancestral inference from gene-order data.
MLGO: phylogeny reconstruction and ancestral inference from gene-order data.
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DOI：
10.1186/s12859-014-0354-6
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发表时间：
2014-11-08
影响因子：
3
通讯作者：
Tang J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hu F;Lin Y;Tang J
全基因组数据的快速积累使人们对利用基因顺序数据进行系统发育分析和祖先重建的研究重新产生了兴趣。当前的软件和web服务器通常不支持重复和丢失事件沿着重排。MLGO（Maximum Likestrands for Gene-Order Analysis）是一个用于从基因序列数据重建同源和/或祖先基因组的网络工具。MLGO是基于似然计算和现有的方法在准确性，可扩展性和灵活性方面的优势。据我们所知，它是第一个用于分析大规模基因组变化的网络工具，这些变化不仅包括重排，还包括基因插入、缺失和重复。该网络工具可从http://www.geneorder.org/server.php获得。
The rapid accumulation of whole-genome data has renewed interest in the study of using gene-order data for phylogenetic analyses and ancestral reconstruction. Current software and web servers typically do not support duplication and loss events along with rearrangements. MLGO (Maximum Likelihood for Gene-Order Analysis) is a web tool for the reconstruction of phylogeny and/or ancestral genomes from gene-order data. MLGO is based on likelihood computation and shows advantages over existing methods in terms of accuracy, scalability and flexibility. To the best of our knowledge, it is the first web tool for analysis of large-scale genomic changes including not only rearrangements but also gene insertions, deletions and duplications. The web tool is available from http://www.geneorder.org/server.php.
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