SARS-CoV-2 genomic and subgenomic RNAs in diagnostic samples are not an indicator of active replication.
SARS-CoV-2 genomic and subgenomic RNAs in diagnostic samples are not an indicator of active replication.
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DOI：
10.1038/s41467-020-19883-7
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发表时间：
2020-11-27
影响因子：
16.6
通讯作者：
Bhatta TR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Alexandersen S;Chamings A;Bhatta TR
严重急性呼吸综合征冠状病毒-2(SARS-CoV-2)于2019年12月下旬首次发现，并已在全球范围内传播。冠状病毒是一种包膜、阳性、单链RNA病毒，采用复杂的病毒基因组长度RNA复制模式，以及基因组长度和含有亚基因组前导的RNA的转录。虽然还不完全了解，但复制和转录都被认为发生在感染细胞细胞质中的所谓双膜小泡中。在这里，我们显示了在最初检测到感染后17天的诊断样本中检测到SARS-CoV-2亚基因组RNA，并为其核酸酶抗性和细胞膜的保护提供了证据，表明在这些样本中检测亚基因组RNA可能不是活跃的冠状病毒复制/感染的合适指标。在SARS-CoV-2复制过程中，亚基因组RNA(SgRNA)被转录，随后被翻译成病毒蛋白。在这里，Alexandersen等人。提供证据，证明sgRNA不一定是病毒活跃复制的指标，但可以在临床样本出现症状后17天内检测到。
Severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) was first detected in late December 2019 and has spread worldwide. Coronaviruses are enveloped, positive sense, single-stranded RNA viruses and employ a complicated pattern of virus genome length RNA replication as well as transcription of genome length and leader containing subgenomic RNAs. Although not fully understood, both replication and transcription are thought to take place in so-called double-membrane vesicles in the cytoplasm of infected cells. Here we show detection of SARS-CoV-2 subgenomic RNAs in diagnostic samples up to 17 days after initial detection of infection and provide evidence for their nuclease resistance and protection by cellular membranes suggesting that detection of subgenomic RNAs in such samples may not be a suitable indicator of active coronavirus replication/infection. During SARS-CoV-2 replication subgenomic RNAs (sgRNA) are transcribed and subsequently translated into viral proteins. Here, Alexandersen et al. provide evidence that sgRNA is not necessarily an indicator for active viral replication, but can be detected up to 17 days after symptom onset in clinical samples.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
影响因子：
4.6
作者：
Chamings A;Nelson TM;Vibin J;Wille M;Klaassen M;Alexandersen S
通讯作者：
Alexandersen S
SARS-COV-2病毒培养和亚基因组RNA，用于来自轻度冠状病毒疾病患者的呼吸标本。
影响因子：
11.8
作者：
Perera RAPM;Tso E;Tsang OTY;Tsang DNC;Fung K;Leung YWY;Chin AWH;Chu DKW;Cheng SMS;Poon LLM;Chuang VWM;Peiris M
通讯作者：
Peiris M
影响因子：
4.6
作者：
Alexandersen S;Nelson TM;Hodge J;Druce J
通讯作者：
Druce J
影响因子：
28.3
作者：
Gorbalenya, Alexander E.;Baker, Susan C.;Ziebuhr, John
通讯作者：
Ziebuhr, John