malariaAtlas: an R interface to global malariometric data hosted by the Malaria Atlas Project.
malariaAtlas: an R interface to global malariometric data hosted by the Malaria Atlas Project.
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DOI：
10.1186/s12936-018-2500-5
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发表时间：
2018-10-05
期刊：
影响因子：
3
通讯作者：
Gething PW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pfeffer DA;Lucas TCD;May D;Harris J;Rozier J;Twohig KA;Dalrymple U;Guerra CA;Moyes CL;Thorn M;Nguyen M;Bhatt S;Cameron E;Weiss DJ;Howes RE;Battle KE;Gibson HS;Gething PW
十多年来，疟疾地图集项目一直致力于汇编和维护一个全球空间疟疾测量数据开放数据库。这些数据涵盖各种格式和主题，包括：疟疾寄生虫率的地理位置调查；全球行政边界形状文件；以及代表疟疾及其相关疾病、血液疾病和干预覆盖范围的全球和区域栅格。MAP最近发布了MalariaAtlas，这是一个R包，提供了与MAP定期更新的疟疾测量数据库和研究结果的直接接口。本文件审查了MalariaAtlas提供的功能，并强调了其在疟疾空间流行病学分析中的作用。MalariaAtlas使用户能够免费下载、可视化和分析R内的全球疟疾测量数据。目前可用的数据类型包括：疟疾寄生虫率和病媒发生点数据；国家以下行政区域边界形状文件；以及涵盖与疟疾研究有关的各种度量的一大套栅格。本文在两个模拟分析中使用了MalariaAtlas，以说明如何将这些数据合并到空间分析的标准R工作流中。MalariaAtlas是第一个开放获取疟疾测量数据的R接口，为在免费提供和常用的统计软件环境中访问这种数据提供了一种新的、可重复使用的手段。通过这种方式，疟疾地图集旨在促进疟疾研究界内的数据共享环境。本文的在线版本(10.1186/s12936-0182500-5)包含向授权用户提供的补充材料。
The Malaria Atlas Project (MAP) has worked to assemble and maintain a global open-access database of spatial malariometric data for over a decade. This data spans various formats and topics, including: geo-located surveys of malaria parasite rate; global administrative boundary shapefiles; and global and regional rasters representing the distribution of malaria and associated illnesses, blood disorders, and intervention coverage. MAP has recently released malariaAtlas, an R package providing a direct interface to MAP’s routinely-updated malariometric databases and research outputs. The current paper reviews the functionality available in malariaAtlas and highlights its utility for spatial epidemiological analysis of malaria. malariaAtlas enables users to freely download, visualise and analyse global malariometric data within R. Currently available data types include: malaria parasite rate and vector occurrence point data; subnational administrative boundary shapefiles; and a large suite of rasters covering a diverse range of metrics related to malaria research. malariaAtlas is here used in two mock analyses to illustrate how this data may be incorporated into a standard R workflow for spatial analysis. malariaAtlas is the first open-access R-interface to malariometric data, providing a new and reproducible means of accessing such data within a freely available and commonly used statistical software environment. In this way, the malariaAtlas package aims to contribute to the environment of data-sharing within the malaria research community. The online version of this article (10.1186/s12936-018-2500-5) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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DOI：
10.1016/s0140-6736(17)31758-0
发表时间：
2017-11-11
期刊：
Lancet (London, England)
影响因子：
--
作者：
Golding N;Burstein R;Longbottom J;Browne AJ;Fullman N;Osgood-Zimmerman A;Earl L;Bhatt S;Cameron E;Casey DC;Dwyer-Lindgren L;Farag TH;Flaxman AD;Fraser MS;Gething PW;Gibson HS;Graetz N;Krause LK;Kulikoff XR;Lim SS;Mappin B;Morozoff C;Reiner RC Jr;Sligar A;Smith DL;Wang H;Weiss DJ;Murray CJL;Moyes CL;Hay SI
通讯作者：
Hay SI
影响因子：
4.9
作者：
Amoah B;Giorgi E;Heyes DJ;van Burren S;Diggle PJ
通讯作者：
Diggle PJ
影响因子：
16.6
作者：
Howes, Rosalind E.;Patil, Anand P.;Piel, Frederic B.;Nyangiri, Oscar A.;Kabaria, Caroline W.;Gething, Peter W.;Zimmerman, Peter A.;Barnadas, Celine;Beall, Cynthia M.;Gebremedhin, Amha;Menard, Didier;Williams, Thomas N.;Weatherall, David J.;Hay, Simon I.
通讯作者：
Hay, Simon I.
影响因子：
3
作者：
Gething PW;Patil AP;Smith DL;Guerra CA;Elyazar IR;Johnston GL;Tatem AJ;Hay SI
通讯作者：
Hay SI
影响因子：
3.7
作者：
Cuadros, Diego F.;Branscum, Adam J.;Garcia-Ramos, Gisela
通讯作者：
Garcia-Ramos, Gisela