New insights on the evolutionary relationships between the major lineages of Amoebozoa.
New insights on the evolutionary relationships between the major lineages of Amoebozoa.
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关于变形虫主要谱系之间进化关系的新见解。
DOI：
10.1038/s41598-022-15372-7
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发表时间：
2022-07-01
影响因子：
4.6
通讯作者：
Smirnov, Alexey
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tekle, Yonas, I;Wang, Fang;Wood, Fiona C.;Anderson, O. Roger;Smirnov, Alexey
超级类群阿米巴虫联合了多种多样的阿米巴生物，并包含了难以抗拒现代系统发育的神秘谱系。该类群的深度分化、一些关键类群的分类学定位和特征演化在很大程度上仍然缺乏阐明或存在争议。我们调查了现有的阿米巴原虫基因组和转录组，以挖掘保守的假定单拷贝基因，这些基因用于丰富基因采样并产生迄今为止该组中最大的超基质；包含824个基因，包括以前未分析过的基因序列。我们恢复了一个很好的解决和支持阿米巴虫树，揭示了新的深层关系，并解决了与形态学数据一致的神秘谱系的位置。在我们的分析中，最深的分支群是管状门。最近提出的主要分支Tevosa，将Evosea和Tubulinea结合起来，不被支持。基于新的系统发育树、古生态学和古生物学数据以及现存阿米巴虫的生物学数据，我们假设阿米巴虫的进化可能是由对环境变化的适应性反应驱动的，其中成功生存和捕食的能力源于破坏和捕食微生物群的能力——这是地球历史中元古代时期的主要生态系统。
The supergroup Amoebozoa unites a wide diversity of amoeboid organisms and encompasses enigmatic lineages that have been recalcitrant to modern phylogenetics. Deep divergences, taxonomic placement of some key taxa and character evolution in the group largely remain poorly elucidated or controversial. We surveyed available Amoebozoa genomes and transcriptomes to mine conserved putative single copy genes, which were used to enrich gene sampling and generate the largest supermatrix in the group to date; encompassing 824 genes, including gene sequences not previously analyzed. We recovered a well-resolved and supported tree of Amoebozoa, revealing novel deep level relationships and resolving placement of enigmatic lineages congruent with morphological data. In our analysis the deepest branching group is Tubulinea. A recent proposed major clade Tevosa, uniting Evosea and Tubulinea, is not supported. Based on the new phylogenetic tree, paleoecological and paleontological data as well as data on the biology of presently living amoebozoans, we hypothesize that the evolution of Amoebozoa probably was driven by adaptive responses to a changing environment, where successful survival and predation resulted from a capacity to disrupt and graze on microbial mats-a dominant ecosystem of the mid-Proterozoic period of the Earth history.
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DOI：
10.1099/00207713-52-2-297
发表时间：
2002-03-01
影响因子：
2.8
作者：
Cavalier-Smith, T
通讯作者：
Cavalier-Smith, T
DOI：
10.1098/rspb.2013.1755
发表时间：
2013-10-22
影响因子：
4.7
作者：
Brown, Matthew W.;Sharpe, Susan C.;Roger, Andrew J.
通讯作者：
Roger, Andrew J.
DOI：
10.1073/pnas.1420657112
发表时间：
2015-02-17
影响因子：
11.1
作者：
Derelle, Romain;Torruella, Guifre;Elias, Marek
通讯作者：
Elias, Marek
影响因子：
2.9
作者：
Cavalier-Smith, T
通讯作者：
Cavalier-Smith, T
影响因子：
3.4
作者：
Yoon HS;Grant J;Tekle YI;Wu M;Chaon BC;Cole JC;Logsdon JM Jr;Patterson DJ;Bhattacharya D;Katz LA
通讯作者：
Katz LA