Regulatory genomic circuitry of human disease loci by integrative epigenomics.
Regulatory genomic circuitry of human disease loci by integrative epigenomics.
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整合表观基因组学研究人类疾病基因座的调控基因组电路。
DOI：
10.1038/s41586-020-03145-z
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发表时间：
2021-03
期刊：
影响因子：
64.8
通讯作者：
Kellis M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Boix CA;James BT;Park YP;Meuleman W;Kellis M
注释人类疾病的分子基础仍然是一个未解决的挑战，因为93%的疾病位点是非编码的，基因调控注释是高度不完整的。在这里，我们介绍了EpiMap，这是一个包含800个样本的10,000个表观基因组图的纲要，我们用它来定义染色质状态、高分辨率增强子、增强子模块、上游调控因子和下游靶基因。我们使用这个资源注释了3万个与540个组织性状相关的遗传基因座，预测了与性状相关的组织，丰富的组织增强剂中假定的因果核苷酸变体，以及每个基因的候选组织特异性靶基因。我们将多因素性状划分为具有不同功能丰富和疾病共病模式的组织特异性贡献因素，并揭示了单因素单性和多因素多效性基因座。得分最高的基因座经常有多个预测的驱动变量，通过多个增强子与一个共同的靶基因、共同组织中的多个基因或多个基因和多个组织汇聚，表明广泛的多效性。我们的结果证明了密集、丰富、高分辨率的表观基因组注释对于复杂性状研究的重要性。作者提出了EpiMap，这是一个简编，包括超过800个生物样本的10,000个表观基因组图，用于注释全基因组范围的关联研究电路。
Annotating the molecular basis of human disease remains an unsolved challenge, as 93% of disease loci are non-coding and gene-regulatory annotations are highly incomplete. Here we present EpiMap, a compendium comprising 10,000 epigenomic maps across 800 samples, which we used to define chromatin states, high-resolution enhancers, enhancer modules, upstream regulators and downstream target genes. We used this resource to annotate 30,000 genetic loci that were associated with 540 traits, predicting trait-relevant tissues, putative causal nucleotide variants in enriched tissue enhancers and candidate tissue-specific target genes for each. We partitioned multifactorial traits into tissue-specific contributing factors with distinct functional enrichments and disease comorbidity patterns, and revealed both single-factor monotropic and multifactor pleiotropic loci. Top-scoring loci frequently had multiple predicted driver variants, converging through multiple enhancers with a common target gene, multiple genes in common tissues, or multiple genes and multiple tissues, indicating extensive pleiotropy. Our results demonstrate the importance of dense, rich, high-resolution epigenomic annotations for the investigation of complex traits. The authors present EpiMap, a compendium that comprises 10,000 epigenomic maps across more than 800 biosamples for the annotation of genome-wide association study circuitry.
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影响因子：
64.8
作者：
Ernst, Jason;Kheradpour, Pouya;Mikkelsen, Tarjei S.;Shoresh, Noam;Ward, Lucas D.;Epstein, Charles B.;Zhang, Xiaolan;Wang, Li;Issner, Robbyn;Coyne, Michael;Ku, Manching;Durham, Timothy;Kellis, Manolis;Bernstein, Bradley E.
通讯作者：
Bernstein, Bradley E.
影响因子：
46.9
作者：
Ernst J;Kellis M
通讯作者：
Kellis M
影响因子：
16
作者：
Calo, Eliezer;Wysocka, Joanna
通讯作者：
Wysocka, Joanna
H3K9ME3依赖性异染色质：细胞命运变化的屏障。
DOI：
10.1016/j.tig.2015.11.001
发表时间：
2016-01
期刊：
Trends in genetics : TIG
影响因子：
--
作者：
Becker JS;Nicetto D;Zaret KS
通讯作者：
Zaret KS
影响因子：
9.8
作者：
Gusev, Alexander;Lee, S. Hong;Price, Alkes L.
通讯作者：
Price, Alkes L.