A method for studying protistan diversity using massively parallel sequencing of V9 hypervariable regions of small-subunit ribosomal RNA genes.
A method for studying protistan diversity using massively parallel sequencing of V9 hypervariable regions of small-subunit ribosomal RNA genes.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0006372
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发表时间：
2009-07-27
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Huse SM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Amaral-Zettler LA;McCliment EA;Ducklow HW;Huse SM
来自小亚基（SSU）核糖体RNA（rRNA）基因的V6高变区的扩增子的大规模平行焦磷酸测序通常用于评估细菌和古细菌种群的多样性和丰富性。焦磷酸测序技术的最新进展提供了高达240个核苷酸的读取长度。扩增子焦磷酸测序现在可以应用于SSU rRNA基因的较长可变区，包括真核生物中的V9区。我们提出了一个协议的扩增子焦磷酸测序的V9区的真核生物多样性库存和物种丰富度估计的环境样品。国际海洋微生物普查（ICoMM）和跨不同水生长期生态研究地点的微生物清单研究（MIRADA-LTER）项目已经采用该协议对各种海洋和淡水环境中的真核样品进行标签测序。真核生物SSU rRNA基因V9高变区的大规模平行焦磷酸测序提供了一种从深层采样种群中估计物种丰富度和从环境中发现新物种的方法。
Massively parallel pyrosequencing of amplicons from the V6 hypervariable regions of small-subunit (SSU) ribosomal RNA (rRNA) genes is commonly used to assess diversity and richness in bacterial and archaeal populations. Recent advances in pyrosequencing technology provide read lengths of up to 240 nucleotides. Amplicon pyrosequencing can now be applied to longer variable regions of the SSU rRNA gene including the V9 region in eukaryotes. We present a protocol for the amplicon pyrosequencing of V9 regions for eukaryotic environmental samples for biodiversity inventories and species richness estimation. The International Census of Marine Microbes (ICoMM) and the Microbial Inventory Research Across Diverse Aquatic Long Term Ecological Research Sites (MIRADA-LTERs) projects are already employing this protocol for tag sequencing of eukaryotic samples in a wide diversity of both marine and freshwater environments. Massively parallel pyrosequencing of eukaryotic V9 hypervariable regions of SSU rRNA genes provides a means of estimating species richness from deeply-sampled populations and for discovering novel species from the environment.
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影响因子：
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