Assembly of 913 microbial genomes from metagenomic sequencing of the cow rumen.
Assembly of 913 microbial genomes from metagenomic sequencing of the cow rumen.
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DOI：
10.1038/s41467-018-03317-6
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发表时间：
2018-02-28
影响因子：
16.6
通讯作者：
Watson M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stewart RD;Auffret MD;Warr A;Wiser AH;Press MO;Langford KW;Liachko I;Snelling TJ;Dewhurst RJ;Walker AW;Roehe R;Watson M
牛瘤胃适于将植物材料分解成能量和营养物，这一任务主要由瘤胃微生物组编码的酶执行。在这里，我们提出了913草案细菌和古细菌基因组组装来自43苏格兰牛的瘤胃宏基因组序列数据超过800 Gb，使用宏基因组分箱和Hi-C的接近指导组装。这些基因组中的大多数代表以前未测序的菌株和物种。基因组草案包含超过69，000种预计参与碳水化合物代谢的蛋白质，其中90%以上在公共数据库中没有很好的匹配。包含这里呈现的913个基因组将宏基因组读段分类相对于我们自己的数据提高了7倍，并且相对于其他公开可用的瘤胃数据集提高了5倍。因此，我们的数据集大大提高了公共数据库中瘤胃微生物基因组的覆盖率，为生物质降解酶的发现和瘤胃微生物组的研究提供了宝贵的资源。牛瘤胃中的微生物对植物材料的分解至关重要。在这里，Stewart等人从牛瘤胃微生物组中组装了900多个细菌和古细菌基因组，揭示了编码在碳水化合物代谢中具有潜在作用的酶的新物种和基因。
The cow rumen is adapted for the breakdown of plant material into energy and nutrients, a task largely performed by enzymes encoded by the rumen microbiome. Here we present 913 draft bacterial and archaeal genomes assembled from over 800 Gb of rumen metagenomic sequence data derived from 43 Scottish cattle, using both metagenomic binning and Hi-C-based proximity-guided assembly. Most of these genomes represent previously unsequenced strains and species. The draft genomes contain over 69,000 proteins predicted to be involved in carbohydrate metabolism, over 90% of which do not have a good match in public databases. Inclusion of the 913 genomes presented here improves metagenomic read classification by sevenfold against our own data, and by fivefold against other publicly available rumen datasets. Thus, our dataset substantially improves the coverage of rumen microbial genomes in the public databases and represents a valuable resource for biomass-degrading enzyme discovery and studies of the rumen microbiome. Microbes in the cow rumen are crucial for the breakdown of plant material. Here, Stewart et al. assemble over 900 bacterial and archaeal genomes from the cow rumen microbiome, revealing new species and genes encoding enzymes with potential roles in carbohydrate metabolism.
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影响因子：
4.4
作者：
COOK, GM;WELLS, JE;RUSSELL, JB
通讯作者：
RUSSELL, JB
Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
17.3
作者：
BAYER, EA;MORAG, E;LAMED, R
通讯作者：
LAMED, R
DOI：
10.1534/g3.114.011825
发表时间：
2014-05-22
期刊：
G3 (Bethesda, Md.)
影响因子：
--
作者：
Burton JN;Liachko I;Dunham MJ;Shendure J
通讯作者：
Shendure J
DOI：
10.1099/ijsem.0.001793
发表时间：
2017-05-01
影响因子：
2.8
作者：
Cox, Laura M.;Sohn, Jiho;Blaser, Martin J.
通讯作者：
Blaser, Martin J.