Experimental approaches to identify cellular G-quadruplex structures and functions.
Experimental approaches to identify cellular G-quadruplex structures and functions.
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DOI：
10.1016/j.ymeth.2012.01.008
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发表时间：
2012-05
期刊：
影响因子：
4.8
通讯作者：
Balasubramanian, Shankar
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Di Antonio, Marco;Rodriguez, Raphael;Balasubramanian, Shankar
关键词：
► 用于检测 G 四链体折叠序列的基因组方法。 ► G-四链体结构的细胞成像。 ► 配体驱动的烷基化和标签转移到 G-四链体结构上。富含鸟嘌呤的核酸可以折叠成称为 G-四链体的非典型 DNA 二级结构。这些结构的形成会通过转录、翻译、剪接、端粒维持和 DNA 重组等机制干扰对维持细胞稳态和新陈代谢至关重要的生物学。因此，由于它们在多种生物过程中的影响以及可能促进基因组不稳定性的作用，G-四链体形成序列已成为潜在的治疗靶点。人们对开发用于感测细胞 DNA 中 G-四链体结构的合成分子和生物分子越来越感兴趣。在这篇综述中，我们总结并讨论了最新开发的 G-四链体细胞成像方法，以及应用实验基因组方法检测整个基因组 DNA 中的 G-四链体。特别是，我们将讨论使用工程小分子和天然蛋白质来实现细胞 DNA 中 G 四链体结构的 Pull-down、ChIP-Seq、ChIP 芯片和荧光成像。
► Genomic approaches for the detection of G-quadruplex folding sequences. ► Cellular imaging of G-quadruplex structures. ► Ligand driven alkylation and tag transfer onto G-quadruplex structures. Guanine-rich nucleic acids can fold into non-canonical DNA secondary structures called G-quadruplexes. The formation of these structures can interfere with the biology that is crucial to sustain cellular homeostases and metabolism via mechanisms that include transcription, translation, splicing, telomere maintenance and DNA recombination. Thus, due to their implication in several biological processes and possible role promoting genomic instability, G-quadruplex forming sequences have emerged as potential therapeutic targets. There has been a growing interest in the development of synthetic molecules and biomolecules for sensing G-quadruplex structures in cellular DNA. In this review, we summarise and discuss recent methods developed for cellular imaging of G-quadruplexes, and the application of experimental genomic approaches to detect G-quadruplexes throughout genomic DNA. In particular, we will discuss the use of engineered small molecules and natural proteins to enable pull-down, ChIP-Seq, ChIP-chip and fluorescence imaging of G-quadruplex structures in cellular DNA.
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影响因子：
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作者：
Bugaut A;Rodriguez R;Kumari S;Hsu ST;Balasubramanian S
通讯作者：
Balasubramanian S
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作者：
Alzeer, Jawad;Vummidi, Balayeshwanth R.;Luedtke, Nathan W.
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作者：
Carroll, Jason S.;Meyer, Clifford A.;Brown, Myles
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Brown, Myles
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作者：
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Belitsky, JM;Leslie, SJ;Dervan, PB
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Dervan, PB