Updates of the In-Gel Digestion Method for Protein Analysis by Mass Spectrometry.
Updates of the In-Gel Digestion Method for Protein Analysis by Mass Spectrometry.
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通过质谱法进行蛋白质分析的凝胶内消化方法的更新。
DOI：
10.1002/pmic.201800236
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发表时间：
2018-12
期刊：
影响因子：
3.4
通讯作者：
Hernandez-Fernaud JR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Goodman JK;Zampronio CG;Jones AME;Hernandez-Fernaud JR
自20世纪90年代初以来，一直使用凝胶内消化蛋白质以通过液相色谱质谱法进行分析。尽管一些改进有助于提高所获得数据的质量，但最近的许多出版物仍然使用次优方法。本研究中提供了凝胶内消化方案的更新。已经表明，替代的还原、烷化剂反应和胰蛋白酶消化缓冲液增加了肽和蛋白质的鉴定，并减少了孵育时间。结果表明，使用三（2-羧乙基）膦盐酸盐和氯乙酰胺的同时和短暂的高温还原和烷基化反应以及随后的凝胶洗涤改善了蛋白质鉴定和序列覆盖，并减少了肽副反应。此外，使用4-（2-羟乙基）哌嗪-1-乙磺酸缓冲液可显著缩短消化时间，改善胰蛋白酶性能并提高肽回收率。这里描述的凝胶内消化方案的更新是有效的，并提供了灵活性，可用于任何蛋白质组学实验室。
The in‐gel digestion of proteins for analysis by liquid chromatograph mass spectrometry has been used since the early 1990s. Although several improvements have contributed to increasing the quality of the data obtained, many recent publications still use sub‐optimal approaches. Updates of the in‐gel digestion protocol has been presented in the study. It has been shown that alternative reducing, alkylating agent reactions, and tryptic digestion buffers increase peptide and protein identification and reduce incubation times. The results indicate that a simultaneous and short, high temperature reduction and alkylation reaction using Tris(2‐carboxyethyl)phosphine hydrochloride and chloroacetamide with a subsequent gel wash improve protein identification and sequence coverage, and diminish peptide side reactions. Additionally, use of 4‐(2‐hydroxyethyl)piperazine‐1‐ethanesulfonic acid buffer allows a significant reduction in the digestion time improving trypsin performance and increasing the peptide recovery. The updates of the in‐gel digestion protocol described here are efficient and offer flexibility to be incorporated in any proteomic laboratory.
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影响因子：
9.8
作者：
Capello, Christian;Fischer, Ulrich;Hungerbuehler, Konrad
通讯作者：
Hungerbuehler, Konrad
影响因子：
46.9
作者：
Taylor, Chris F.;Paton, Norman W.;Hermjakob, Henning
通讯作者：
Hermjakob, Henning
DOI：
10.1007/978-1-61779-821-4_46
发表时间：
2012-01-01
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Lill, Jennie R;Nesatyy, Victor J
通讯作者：
Nesatyy, Victor J
影响因子：
5.6
作者：
Feist P;Hummon AB
通讯作者：
Hummon AB
影响因子：
7
作者：
Mueller, Torsten;Winter, Dominic
通讯作者：
Winter, Dominic