PACIFIC: a lightweight deep-learning classifier of SARS-CoV-2 and co-infecting RNA viruses.
PACIFIC: a lightweight deep-learning classifier of SARS-CoV-2 and co-infecting RNA viruses.
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PACIFIC：SARS-CoV-2和共感染RNA病毒的轻量级深度学习分类器。
DOI：
10.1038/s41598-021-82043-4
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发表时间：
2021-02-05
影响因子：
4.6
通讯作者：
Patel HR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Acera Mateos P;Balboa RF;Easteal S;Eyras E;Patel HR
COVID-19 患者会发生病毒合并感染，可能会影响疾病的进展和严重程度。然而，目前还没有专门的方法来识别患者 RNA-seq 数据中的病毒合并感染。我们开发了 PACIFIC，这是一种深度学习算法，可以从 RNA-seq 数据中准确检测 SARS-CoV-2 和其他常见的 RNA 呼吸道病毒。利用计算机数据，PACIFIC 以 99% 以上的精确度和召回率恢复病毒的存在和相对浓度。 PACIFIC 在 63 个独立的体外细胞培养物和患者数据集中准确检测 SARS-CoV-2 和其他病毒感染。 PACIFIC 是一种端到端工具，可以对当前全球大流行中的病毒感染进行系统监测。
Viral co-infections occur in COVID-19 patients, potentially impacting disease progression and severity. However, there is currently no dedicated method to identify viral co-infections in patient RNA-seq data. We developed PACIFIC, a deep-learning algorithm that accurately detects SARS-CoV-2 and other common RNA respiratory viruses from RNA-seq data. Using in silico data, PACIFIC recovers the presence and relative concentrations of viruses with > 99% precision and recall. PACIFIC accurately detects SARS-CoV-2 and other viral infections in 63 independent in vitro cell culture and patient datasets. PACIFIC is an end-to-end tool that enables the systematic monitoring of viral infections in the current global pandemic.
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