Epitope-Evaluator: An interactive web application to study predicted T-cell epitopes.
Epitope-Evaluator: An interactive web application to study predicted T-cell epitopes.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0273577
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
已经开发了多种免疫信息学工具来预测不同主要组织相容性复合体(MHC)等位基因的蛋白质氨基酸序列中的T细胞表位。这些预测工具输出数百个需要进一步处理的潜在候选多肽；然而，这些工具要么不是图形化的，要么对非编程用户不友好。我们介绍了在SHINY/R框架下开发的用于交互分析预测的T细胞表位的Web工具Ebitope-Evaluator。表位评估器包含六种工具，提供表位在一组选定的MHC等位基因上的分布、表位的混杂和保守以及它们在抗原中的密度和位置。表位评估器需要输入蛋白质序列的FASTA文件和来自任何预测器的输出预测文件。通过选择不同的截止值和参数，用户可以生成多个交互式绘图和表格，分别以JPG和文本文件的形式下载。使用表位评估器，我们发现，与其他MHC I类等位基因相比，人类白细胞抗原B*40、人类白细胞抗原B*27：05和人类白细胞抗原B*07：02识别SARS-CoV-2蛋白质组的表位较少。我们还鉴定了Delta、Omicron和武汉Spike变异体之间的共同表位以及变异体特有的表位。总而言之，表位评估器消除了编程障碍，提供了直观的工具，允许直接的解释和图形表示，便于选择候选表位进行实验评估。Web服务器表位赋值器可在https://fuxmanlab.shinyapps.io/Epitope-Evaluator/获得
Multiple immunoinformatic tools have been developed to predict T-cell epitopes from protein amino acid sequences for different major histocompatibility complex (MHC) alleles. These prediction tools output hundreds of potential peptide candidates which require further processing; however, these tools are either not graphical or not friendly for non-programming users. We present Epitope-Evaluator, a web tool developed in the Shiny/R framework to interactively analyze predicted T-cell epitopes. Epitope-Evaluator contains six tools providing the distribution of epitopes across a selected set of MHC alleles, the promiscuity and conservation of epitopes, and their density and location within antigens. Epitope-Evaluator requires as input the fasta file of protein sequences and the output prediction file coming out from any predictor. By choosing different cutoffs and parameters, users can produce several interactive plots and tables that can be downloaded as JPG and text files, respectively. Using Epitope-Evaluator, we found the HLA-B*40, HLA-B*27:05 and HLA-B*07:02 recognized fewer epitopes from the SARS-CoV-2 proteome than other MHC Class I alleles. We also identified shared epitopes between Delta, Omicron, and Wuhan Spike variants as well as variant-specific epitopes. In summary, Epitope-Evaluator removes the programming barrier and provides intuitive tools, allowing a straightforward interpretation and graphical representations that facilitate the selection of candidate epitopes for experimental evaluation. The web server Epitope-Evaluator is available at https://fuxmanlab.shinyapps.io/Epitope-Evaluator/
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DOI：
10.1186/1745-7580-3-3
发表时间：
2007-02-21
期刊：
Immunome research
影响因子：
--
作者：
Beaver JE;Bourne PE;Ponomarenko JV
通讯作者：
Ponomarenko JV
影响因子：
9.2
作者：
Jia Q;Bielefeldt-Ohmann H;Maison RM;Masleša-Galić S;Cooper SK;Bowen RA;Horwitz MA
通讯作者：
Horwitz MA
影响因子：
9.3
作者：
O'Donnell, Timothy J.;Rubinsteyn, Alex;Laserson, Uri
通讯作者：
Laserson, Uri
影响因子：
8.8
作者：
Li Y;Ma ML;Lei Q;Wang F;Hong W;Lai DY;Hou H;Xu ZW;Zhang B;Chen H;Yu C;Xue JB;Zheng YX;Wang XN;Jiang HW;Zhang HN;Qi H;Guo SJ;Zhang Y;Lin X;Yao Z;Wu J;Sheng H;Zhang Y;Wei H;Sun Z;Fan X;Tao SC
通讯作者：
Tao SC
影响因子：
6.4
作者：
BAUMGARTNER, JD;OBRIEN, TX;ZIEGLER, EJ
通讯作者：
ZIEGLER, EJ