The human cell surfaceome of breast tumors.
The human cell surfaceome of breast tumors.
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DOI：
10.1155/2013/976816
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发表时间：
2013
影响因子：
--
通讯作者：
de Souza SJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
da Cunha JP;Galante PA;de Souza JE;Pieprzyk M;Carraro DM;Old LJ;Camargo AA;de Souza SJ
介绍。细胞表面蛋白是癌症治疗和诊断的理想靶标。我们已经鉴定出一组超过 3700 个基因，这些基因编码据信存在于人类细胞表面的跨膜蛋白。方法。我们使用高通量 qPCR 系统分析了 12 个原发性乳腺肿瘤、8 个乳腺细胞系和 21 个正常人体组织（包括乳腺）中的 573 个细胞表面蛋白编码基因。为了更好地了解这些基因在乳腺肿瘤中的作用，我们使用了一系列生物信息学策略来整合不同类型的数据集，例如 KEGG、蛋白质-蛋白质相互作用数据库、ONCOMINE 和文献数据。结果。我们发现至少 77 个基因在乳腺原发性肿瘤中过度表达，而其中至少 2 个基因在正常组织中也具有受限的表达模式。我们发现了乳腺肿瘤中可能通过这些细胞表面蛋白编码基因的过度表达来调节的常见信号通路。此外，还对本报告中发现的基因与与乳腺肿瘤发生临床相关特征相关的其他基因进行了比较。结论。本研究中生成的表达谱与综合生物信息学分析一起使我们能够确定乳腺肿瘤的假定靶点。
Introduction. Cell surface proteins are ideal targets for cancer therapy and diagnosis. We have identified a set of more than 3700 genes that code for transmembrane proteins believed to be at human cell surface. Methods. We used a high-throuput qPCR system for the analysis of 573 cell surface protein-coding genes in 12 primary breast tumors, 8 breast cell lines, and 21 normal human tissues including breast. To better understand the role of these genes in breast tumors, we used a series of bioinformatics strategies to integrates different type, of the datasets, such as KEGG, protein-protein interaction databases, ONCOMINE, and data from, literature. Results. We found that at least 77 genes are overexpressed in breast primary tumors while at least 2 of them have also a restricted expression pattern in normal tissues. We found common signaling pathways that may be regulated in breast tumors through the overexpression of these cell surface protein-coding genes. Furthermore, a comparison was made between the genes found in this report and other genes associated with features clinically relevant for breast tumorigenesis. Conclusions. The expression profiling generated in this study, together with an integrative bioinformatics analysis, allowed us to identify putative targets for breast tumors.
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影响因子：
3.5
作者：
Sato, H;Kinoshita, T;Seiki, M
通讯作者：
Seiki, M
影响因子：
7.5
作者：
Lambaerts K;Wilcox-Adelman SA;Zimmermann P
通讯作者：
Zimmermann P
影响因子：
4.2
作者：
Eckert, A. W.;Lautner, M. H. W.;Bilkenroth, U.
通讯作者：
Bilkenroth, U.
影响因子：
6.4
作者：
STAMPS, AC;DAVIES, SC;OHARE, MJ
通讯作者：
OHARE, MJ
DOI：
10.1073/pnas.0808041105
发表时间：
2008-10-21
影响因子：
11.1
作者：
Leary, Rebecca J.;Lin, Jimmy C.;Velculescu, Victor E.
通讯作者：
Velculescu, Victor E.