Development of a Prototype System for Archiving Integrative/Hybrid Structure Models of Biological Macromolecules.
Development of a Prototype System for Archiving Integrative/Hybrid Structure Models of Biological Macromolecules.
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DOI：
10.1016/j.str.2018.03.011
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发表时间：
2018-06-05
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Berman HM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Vallat B;Webb B;Westbrook JD;Sali A;Berman HM
生物学中的基本过程是由大分子组装体进行的，其结构通常难以通过传统方法确定。越来越多的研究人员联合收割机测量数据和计算信息，从几个互补的方法，以获得“混合”或“综合”的结构模型的大分子及其组件。由于缺乏标准的数据表示和处理机制，这些综合/混合（I/H）模型没有在蛋白质数据库中存档。在这里，我们提出的数据标准和原型系统存档I/H模型的发展。数据标准提供了所需的定义，代表I/H模型，跨越多个时空尺度和构象状态，以及来自不同的实验技术的空间限制。基于这些数据定义，我们已经建立了一个原型系统，称为PDB-Dev，它提供了必要的基础设施存档I/H结构模型。PDB-Dev现在接受结构，并向社区开放新的提交。Vallat等人，描述了数据表示和原型系统存档的结构模型的生物大分子计算的综合/混合建模。PDB-Dev原型系统能够以标准形式沉积、存档和传播综合结构模型。
Essential processes in biology are carried out by large macromolecular assemblies, whose structures are often difficult to determine by traditional methods. Increasingly, researchers combine measured data and computed information from several complementary methods to obtain “hybrid” or “integrative” structural models of macromolecules and their assemblies. These integrative/hybrid (I/H) models are not archived in the Protein Data Bank because of the absence of standard data representations and processing mechanisms. Here, we present the development of data standards and a prototype system for archiving I/H models. The data standards provide the definitions required for representing I/H models that span multiple spatiotemporal scales and conformational states as well as spatial restraints derived from different experimental techniques. Based on these data definitions, we have built a prototype system called PDB-Dev, which provides the infrastructure necessary to archive I/H structural models. PDB-Dev is now accepting structures and is open to the community for new submissions. Vallat et al., describe the data representation and prototype system for archiving structural models of biological macromolecules computed by integrative/hybrid modeling. The PDB-Dev prototype system enables the deposition, archiving and dissemination of integrative structural models in a standard form.
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DOI：
10.1074/mcp.m115.048504
发表时间：
2016-03
期刊：
Molecular & cellular proteomics : MCP
影响因子：
--
作者：
Belsom A;Schneider M;Fischer L;Brock O;Rappsilber J
通讯作者：
Rappsilber J
影响因子：
3.7
作者：
Karakas, Mert;Woetzel, Nils;Meiler, Jens
通讯作者：
Meiler, Jens
影响因子：
3
作者：
Cheng A;Henderson R;Mastronarde D;Ludtke SJ;Schoenmakers RH;Short J;Marabini R;Dallakyan S;Agard D;Winn M
通讯作者：
Winn M
影响因子：
3
作者：
BROOKS, BR;BRUCCOLERI, RE;KARPLUS, M
通讯作者：
KARPLUS, M
影响因子：
56.9
作者：
Dekker, J;Rippe, K;Kleckner, N
通讯作者：
Kleckner, N