RNA structure probing to characterize RNA-protein interactions on a low abundance pre-mRNA in living cells.
RNA structure probing to characterize RNA-protein interactions on a low abundance pre-mRNA in living cells.
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DOI：
10.1261/rna.077263.120
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发表时间：
2020-12-11
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Berglund JA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bubenik JL;Hale M;McConnell O;Wang E;Swanson MS;Spitale R;Berglund JA
体内RNA结构分析已经成为分子生物学中的一个强大工具，这主要是由于越来越多样化的化学方法与高通量测序的结合。这导致了从单一靶点到全转录组方法的转变。然而，这些方法需要测序深度，这妨碍了研究低丰度靶标，其在全转录组方法中不能充分捕获。在这里，我们证明了在逆转录之前富集低丰度靶点扩大了分析的分子范围，并导致对低丰度转录物的分析得到改善。此外，该方法与任何选择的化学加合物或读出方法兼容。我们将联合收割机这种方法与感兴趣的RBP的诱导表达相结合，以研究细胞背景下剪接因子muscleblind-like splicing regulator 1（MBNL 1）的前体mRNA中的自动调节事件。
In vivo RNA structure analysis has become a powerful tool in molecular biology, largely due to the coupling of an increasingly diverse set of chemical approaches with high-throughput sequencing. This has resulted in a transition from single target to transcriptome-wide approaches. However, these methods require sequencing depths that preclude studying low abundance targets, which are not sufficiently captured in transcriptome-wide approaches. Here we demonstrate that enrichment of low abundance targets before reverse transcription broadens the range of molecules analyzed and results in improved analysis for low abundance transcripts. In addition, this method is compatible with any choice of chemical adduct or read-out approach. We combine this method with inducible expression of an RBP of interest to study an autoregulated event in the pre-mRNA of the splicing factor, muscleblind-like splicing regulator 1 (MBNL1) in a cellular context.
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DOI：
10.1261/rna.067868.118
发表时间：
2019-01
期刊：
RNA (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Mitchell D 3rd;Renda AJ;Douds CA;Babitzke P;Assmann SM;Bevilacqua PC
通讯作者：
Bevilacqua PC
影响因子：
3.5
作者：
Kelemen O;Convertini P;Zhang Z;Wen Y;Shen M;Falaleeva M;Stamm S
通讯作者：
Stamm S
DOI：
10.1038/nrm.2017.27
发表时间：
2017-07
期刊：
Nature reviews. Molecular cell biology
影响因子：
--
作者：
Baralle FE;Giudice J
通讯作者：
Giudice J
影响因子：
7.3
作者：
Mockenhaupt S;Makeyev EV
通讯作者：
Makeyev EV
影响因子：
8.8
作者：
Frank, Filipp;Kavousi, Nadieh;Ortlund, Eric A.
通讯作者：
Ortlund, Eric A.