Ribosomal profiling of human endogenous retroviruses in healthy tissues.
Ribosomal profiling of human endogenous retroviruses in healthy tissues.
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DOI：
10.1186/s12864-023-09909-x
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发表时间：
2024-01-02
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Nixon, Douglas F.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dopkins, Nicholas;Singh, Bhavya;Michael, Stephanie;Zhang, Panpan;Marston, Jez L.;Fei, Tongyi;Singh, Manvendra;Feschotte, Cedric;Collins, Nicholas;Bendall, Matthew L.;Nixon, Douglas F.
关键词：
人类内源性逆转录病毒(HERV)是古代逆转录病毒感染的胚系嵌合前病毒片段，约占人类基因组的8%。我们在生理学上对HERV的理解主要围绕着它们的非编码功能，而它们的蛋白质编码能力几乎还没有确定。因此，我们将生物信息学管道“hervQuant”应用于健康组织的高分辨率核糖体分析，以提供翻译上活跃的HERV的全面概述。我们发现，在不同的组织特异性图谱中，HERV占所有翻译的0.1-0.4%。总体而言，我们的研究进一步支持了HERV在健康组织中被积极翻译，为人类蛋白质组提供逆转录病毒起源的序列的说法。网上版载有补充材料，可在10.1186/s12864-023-09909-x查阅。
Human endogenous retroviruses (HERVs) are the germline embedded proviral fragments of ancient retroviral infections that make up roughly 8% of the human genome. Our understanding of HERVs in physiology primarily surrounds their non-coding functions, while their protein coding capacity remains virtually uncharacterized. Therefore, we applied the bioinformatic pipeline “hervQuant” to high-resolution ribosomal profiling of healthy tissues to provide a comprehensive overview of translationally active HERVs. We find that HERVs account for 0.1–0.4% of all translation in distinct tissue-specific profiles. Collectively, our study further supports claims that HERVs are actively translated throughout healthy tissues to provide sequences of retroviral origin to the human proteome. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s12864-023-09909-x.
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影响因子：
3.3
作者：
Blanco-Melo D;Gifford RJ;Bieniasz PD
通讯作者：
Bieniasz PD
影响因子：
8
作者：
Cherkasova, E.;Malinzak, E.;Rao, S.;Takahashi, Y.;Senchenko, V. N.;Kudryavtseva, A. V.;Nickerson, M. L.;Merino, M.;Hong, J. A.;Schrump, D. S.;Srinivasan, R.;Linehan, W. M.;Tian, X.;Lerman, M. I.;Childs, R. W.
通讯作者：
Childs, R. W.
影响因子：
16
作者：
Chothani, Sonia P.;Adami, Eleonora;Schafer, Sebastian
通讯作者：
Schafer, Sebastian
影响因子：
13.6
作者：
Bonaventura P;Alcazer V;Mutez V;Tonon L;Martin J;Chuvin N;Michel E;Boulos RE;Estornes Y;Valladeau-Guilemond J;Viari A;Wang Q;Caux C;Depil S
通讯作者：
Depil S
DOI：
10.1126/science.aad5497
发表时间：
2016-03-04
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Chuong EB;Elde NC;Feschotte C
通讯作者：
Feschotte C