Exploring Enzyme Evolution from Changes in Sequence, Structure, and Function.
Exploring Enzyme Evolution from Changes in Sequence, Structure, and Function.
复制标题
从序列、结构和功能的变化探索酶的进化。
DOI：
10.1007/978-1-4939-8736-8_14
复制
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Tyzack JD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tyzack JD
我们研究的目标是增加我们对生物如何在分子水平上工作的理解，特别是关注酶如何通过适应来进化其功能，以产生新的特异性和机制。FunTree(Sillitoe and Furnham，Nucleic Am，Res 44：D317-D323,2016)是一个汇集了2340个Cath超家族(Sillitoe等人，Nucleic Ads RES 43：D376-D381,2015)的序列、结构、系统发育以及化学和机制信息的资源，这些信息都包含至少一个酶。我们将概述FunTree使用序列和结构比对将超家族中的蛋白质聚类成结构相似的组(SSGs)，并生成由祖先特征估计(ACE)增强的系统发育树。这些核心信息被新的功能相似性度量补充(Rahman等人，NAT方法11：171-174,2014)，以比较基于总键变化、反应中心(参与反应的局部环境原子)和参与反应的代谢物的结构相似性的酶反应。这些树还装饰着分类和酶委员会(EC)代码和GO注释，形成了一个全面的网络界面的基础，可以在http://www.funtree.info上找到。在本章中，我们将更详细地讨论各种分析和支持计算工具，描述提取信息所需的步骤。
The goal of our research is to increase our understanding of how biology works at the molecular level, with a particular focus on how enzymes evolve their functions through adaptations to generate new specificities and mechanisms. FunTree (Sillitoe and Furnham, Nucleic Acids Res 44:D317–D323, 2016) is a resource that brings together sequence, structure, phylogenetic, and chemical and mechanistic information for 2340 CATH superfamilies (Sillitoe et al., Nucleic Acids Res 43:D376–D381, 2015) (which all contain at least one enzyme) to allow evolution to be investigated within a structurally defined superfamily.We will give an overview of FunTree’s use of sequence and structural alignments to cluster proteins within a superfamily into structurally similar groups (SSGs) and generate phylogenetic trees augmented by ancestral character estimations (ACE). This core information is supplemented with new measures of functional similarity (Rahman et al., Nat Methods 11:171–174, 2014) to compare enzyme reactions based on overall bond changes, reaction centers (the local environment atoms involved in the reaction), and the structural similarities of the metabolites involved in the reaction. These trees are also decorated with taxonomic and Enzyme Commission (EC) code and GO annotations, forming the basis of a comprehensive web interface that can be found at http://www.funtree.info . In this chapter, we will discuss the various analyses and supporting computational tools in more detail, describing the steps required to extract information.
登录
查看更多内容
影响因子：
5.8
作者：
Suzuki, R;Shimodaira, H
通讯作者：
Shimodaira, H
DOI：
10.1093/bioinformatics/bti693
发表时间：
2005-12-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Holliday GL;Bartlett GJ;Almonacid DE;O'Boyle NM;Murray-Rust P;Thornton JM;Mitchell JB
通讯作者：
Mitchell JB
EC-Blast：一种自动搜索和比较酶反应的工具。
影响因子：
48
作者：
Rahman, Syed Asad;Cuesta, Sergio Martinez;Furnham, Nicholas;Holliday, Gemma L.;Thornton, Janet M.
通讯作者：
Thornton, Janet M.
FunTree：探索和背景化蛋白质功能进化的资源进展
DOI：
--
发表时间：
2015
期刊：
Nucleic Acids Res.
影响因子：
--
作者：
I. Sillitoe;Nicholas Furnham
通讯作者：
Nicholas Furnham
影响因子：
5.8
作者：
Tamuri, Asif U.;Laskowski, Roman A.
通讯作者：
Laskowski, Roman A.