BRENDA in 2019: a European ELIXIR core data resource.
BRENDA in 2019: a European ELIXIR core data resource.
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DOI：
10.1093/nar/gky1048
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发表时间：
2019-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Schomburg D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jeske L;Placzek S;Schomburg I;Chang A;Schomburg D
BRENDA酶数据库（www.brenda-enzymes.org），最近被指定为ELIXIR核心数据资源，是主要的酶和酶配体信息系统。核心数据库提供了关于酶的全面概述。从140000个主要参考文献中手动评估和提取的184000种酶的430万个数据集合与通过文本和数据挖掘、数据集成和预测算法获得的信息相结合。补充包括疾病相关数据、蛋白质序列、3D结构、预测的酶位置和基因组注释。主要的发展是一个修订的配体摘要页和结构搜索，现在包括一个相似性和异构体搜索。BKMS-react是一个包含已知酶催化反应的集成数据库，它补充了进一步的反应和改进的途径连接。除了现有的酶字地图与酶的具体条款的图形信息，植物字地图已经开发。它们显示了与特定植物相关的术语的图形概述，例如酶或植物病原体信息。建立了一个显示所有相关信息的微生物摘要页面，例如分类法和与酶数据相关的同义词。根据IUBMB酶工作组的决定，EC 7类酶已被确定为“易位酶”，即催化离子或代谢物跨细胞膜转运的酶。
The BRENDA enzyme database (www.brenda-enzymes.org), recently appointed ELIXIR Core Data Resource, is the main enzyme and enzyme-ligand information system. The core database provides a comprehensive overview on enzymes. A collection of 4.3 million data for ∼84 000 enzymes manually evaluated and extracted from ∼140 000 primary literature references is combined with information obtained by text and data mining, data integration and prediction algorithms. Supplements comprise disease-related data, protein sequences, 3D structures, predicted enzyme locations and genome annotations. Major developments are a revised ligand summary page and the structure search now including a similarity and isomer search. BKMS-react, an integrated database containing known enzyme-catalyzed reactions, is supplemented with further reactions and improved access to pathway connections. In addition to existing enzyme word maps with graphical information of enzyme specific terms, plant word maps have been developed. They show a graphical overview of terms, e.g. enzyme or plant pathogen information, connected to specific plants. An organism summary page showing all relevant information, e.g. taxonomy and synonyms linked to enzyme data, was implemented. Based on a decision by the IUBMB enzyme task force the enzyme class EC 7 has been established for ‘translocases’, enzymes that catalyze a transport of ions or metabolites across cellular membranes.
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