Establishment and lineage dynamics of the SARS-CoV-2 epidemic in the UK.
Establishment and lineage dynamics of the SARS-CoV-2 epidemic in the UK.
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DOI：
10.1126/science.abf2946
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发表时间：
2021-02-12
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Pybus OG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
du Plessis L;McCrone JT;Zarebski AE;Hill V;Ruis C;Gutierrez B;Raghwani J;Ashworth J;Colquhoun R;Connor TR;Faria NR;Jackson B;Loman NJ;O'Toole Á;Nicholls SM;Parag KV;Scher E;Vasylyeva TI;Volz EM;Watts A;Bogoch II;Khan K;COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium;Aanensen DM;Kraemer MUG;Rambaut A;Pybus OG
2020年初英国的新冠肺炎疫情是世界上最大的疫情之一，病毒基因组样本也异常地很好地代表了这一疫情。在这里，我们通过分析50,887个SARS-CoV-2基因组，包括在英国第一波感染过程中采集的26,181个基因组，揭示了这次疫情的精细遗传谱系结构。利用大规模的系统发育分析，结合流行病学和旅行数据，我们量化了遗传上不同的UK传播谱系的大小、时空起源和持久性。病毒输入率的快速波动导致了>；1000个血统；在国家封锁之前引入的血统往往更大、更分散。血统输入和区域血统多样性在封锁后下降，而血统消除是大小依赖的。我们讨论了我们对传播动力学的遗传学观点对新冠肺炎流行病学和控制的影响。
The UK’s COVID-19 epidemic during early 2020 was one of world’s largest and unusually well represented by virus genomic sampling. Here we reveal the fine-scale genetic lineage structure of this epidemic through analysis of 50,887 SARS-CoV-2 genomes, including 26,181 from the UK sampled throughout the country’s first wave of infection. Using large-scale phylogenetic analyses, combined with epidemiological and travel data, we quantify the size, spatio-temporal origins and persistence of genetically-distinct UK transmission lineages. Rapid fluctuations in virus importation rates resulted in >1000 lineages; those introduced prior to national lockdown tended to be larger and more dispersed. Lineage importation and regional lineage diversity declined after lockdown, while lineage elimination was size-dependent. We discuss the implications of our genetic perspective on transmission dynamics for COVID-19 epidemiology and control.
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影响因子：
11.7
作者：
Chowell G;Sattenspiel L;Bansal S;Viboud C
通讯作者：
Viboud C
基因组流行病学揭示了寨卡病毒的多次引入到美国。
影响因子：
64.8
作者：
Grubaugh ND;Ladner JT;Kraemer MUG;Dudas G;Tan AL;Gangavarapu K;Wiley MR;White S;Thézé J;Magnani DM;Prieto K;Reyes D;Bingham AM;Paul LM;Robles-Sikisaka R;Oliveira G;Pronty D;Barcellona CM;Metsky HC;Baniecki ML;Barnes KG;Chak B;Freije CA;Gladden-Young A;Gnirke A;Luo C;MacInnis B;Matranga CB;Park DJ;Qu J;Schaffner SF;Tomkins-Tinch C;West KL;Winnicki SM;Wohl S;Yozwiak NL;Quick J;Fauver JR;Khan K;Brent SE;Reiner RC Jr;Lichtenberger PN;Ricciardi MJ;Bailey VK;Watkins DI;Cone MR;Kopp EW 4th;Hogan KN;Cannons AC;Jean R;Monaghan AJ;Garry RF;Loman NJ;Faria NR;Porcelli MC;Vasquez C;Nagle ER;Cummings DAT;Stanek D;Rambaut A;Sanchez-Lockhart M;Sabeti PC;Gillis LD;Michael SF;Bedford T;Pybus OG;Isern S;Palacios G;Andersen KG
通讯作者：
Andersen KG
DOI：
10.1016/j.jhin.2016.10.008
发表时间：
2017-03
期刊：
The Journal of hospital infection
影响因子：
--
作者：
Kim KH;Tandi TE;Choi JW;Moon JM;Kim MS
通讯作者：
Kim MS
影响因子：
82.9
作者：
Adam, Dillon C.;Wu, Peng;Cowling, Benjamin J.
通讯作者：
Cowling, Benjamin J.
DOI：
10.1002/cjs.5550360302
发表时间：
2008-09-01
影响因子：
0.6
作者：
Ferreira, Marco A. R.;Suchard, Marc A.
通讯作者：
Suchard, Marc A.