A primary human T-cell spectral library to facilitate large scale quantitative T-cell proteomics.
A primary human T-cell spectral library to facilitate large scale quantitative T-cell proteomics.
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DOI：
10.1038/s41597-020-00744-3
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发表时间：
2020-11-23
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Hill MM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Weerakoon H;Potriquet J;Shah AK;Reed S;Jayakody B;Kapil C;Midha MK;Moritz RL;Lepletier A;Mulvenna J;Miles JJ;Hill MM
以所有理论质谱的连续窗口采集（SWATH-MS）为例的数据独立分析（DIA）提供了稳健的定量蛋白质组学数据，但缺乏公共的原代人类T细胞谱库是当前的资源缺口。在这里，我们报告了一个高质量的光谱库的生成，其中包含来自遗传无关供体的人类T细胞的4，833种不同蛋白质的数据，覆盖了UniProt/SwissProt审查的人类蛋白质组的约24%。使用新的人类T细胞光谱库对18个原代T细胞样本进行SWATH-MS分析，以1%的错误发现率（FDR）可靠地鉴定和定量了2，850种蛋白质。相比之下，更大的泛人类光谱库在同一数据集中识别和定量了2，794种T细胞蛋白。由于文库鉴定了一组重叠的蛋白质，因此将两个文库组合导致4，078种人类T细胞蛋白质的定量。总的来说，这个大型数据档案将成为人类T细胞蛋白质组学研究的有用公共资源。人T细胞文库可在SWATHTlas获得，数据可通过ProteomeXchange（PXD 019446和PXD 019542）和PeptideAtlas（PASS 01587）获得。描述报告数据的机器可访问元数据文件：10.6084/m9.figshare.12991619
Data independent analysis (DIA) exemplified by sequential window acquisition of all theoretical mass spectra (SWATH-MS) provides robust quantitative proteomics data, but the lack of a public primary human T-cell spectral library is a current resource gap. Here, we report the generation of a high-quality spectral library containing data for 4,833 distinct proteins from human T-cells across genetically unrelated donors, covering ~24% proteins of the UniProt/SwissProt reviewed human proteome. SWATH-MS analysis of 18 primary T-cell samples using the new human T-cell spectral library reliably identified and quantified 2,850 proteins at 1% false discovery rate (FDR). In comparison, the larger Pan-human spectral library identified and quantified 2,794 T-cell proteins in the same dataset. As the libraries identified an overlapping set of proteins, combining the two libraries resulted in quantification of 4,078 human T-cell proteins. Collectively, this large data archive will be a useful public resource for human T-cell proteomic studies. The human T-cell library is available at SWATHAtlas and the data are available via ProteomeXchange (PXD019446 and PXD019542) and PeptideAtlas (PASS01587). Machine-accessible metadata file describing the reported data: 10.6084/m9.figshare.12991619
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影响因子：
3.4
作者：
Deutsch, Eric W.;Mendoza, Luis;Shteynberg, David;Farrah, Terry;Lam, Henry;Tasman, Natalie;Sun, Zhi;Nilsson, Erik;Pratt, Brian;Prazen, Bryan;Eng, Jimmy K.;Martin, Daniel B.;Nesvizhskii, Alexey I.;Aebersold, Ruedi
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Aebersold, Ruedi
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作者：
Vizcaíno JA;Csordas A;del-Toro N;Dianes JA;Griss J;Lavidas I;Mayer G;Perez-Riverol Y;Reisinger F;Ternent T;Xu QW;Wang R;Hermjakob H
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Hermjakob H
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Rieckmann, Jan C.;Geiger, Roger;Meissner, Felix
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Gorman, Jeffrey J
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作者：
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Nesvizhskii, Alexey I.