SugarDrawer: A Web-Based Database Search Tool with Editing Glycan Structures.
SugarDrawer: A Web-Based Database Search Tool with Editing Glycan Structures.
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DOI：
10.3390/molecules26237149
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发表时间：
2021-11-25
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Yamada I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tsuchiya S;Matsubara M;Aoki-Kinoshita KF;Yamada I
在生命科学领域，数据库整合正在取得进展，并有助于不同研究领域之间的合作，包括糖科学。随着国际聚糖结构库GlyTouCan的开发，聚糖数据库的整合极大地促进了全球合作。这一趋势增加了对一种工具的需求，通过该工具，各个领域的研究人员可以轻松地从集成数据库中搜索聚糖结构。我们已经开发了一个基于网络的聚糖结构搜索工具，SugarDrawer，它支持聚糖的描述，包括模糊性，如聚糖片段，其中包含欠定连接，并在画布上绘制的聚糖的数据库搜索。该工具使用模板结构和弹出窗口，只需几个步骤即可为各种聚糖结构提供简单的编辑功能，允许用户为每个结构元素选择特定信息。此工具具有用于选择可能的连接位点的独特功能，该功能在聚糖符号命名法（SNFG）中定义。此外，该工具可以WURCS和GlycoCT格式输入和输出聚糖，这是聚糖结构最常用的文本格式。
In life science fields, database integration is progressing and contributing to collaboration between different research fields, including the glycosciences. The integration of glycan databases has greatly progressed collaboration worldwide with the development of the international glycan structure repository, GlyTouCan. This trend has increased the need for a tool by which researchers in various fields can easily search glycan structures from integrated databases. We have developed a web-based glycan structure search tool, SugarDrawer, which supports the depiction of glycans including ambiguity, such as glycan fragments which contain underdetermined linkages, and a database search for glycans drawn on the canvas. This tool provides an easy editing feature for various glycan structures in just a few steps using template structures and pop-up windows which allow users to select specific information for each structure element. This tool has a unique feature for selecting possible attachment sites, which is defined in the Symbol Nomenclature for Glycans (SNFG). In addition, this tool can input and output glycans in WURCS and GlycoCT formats, which are the most commonly-used text formats for glycan structures.
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影响因子：
14.9
作者：
Fujita A;Aoki NP;Shinmachi D;Matsubara M;Tsuchiya S;Shiota M;Ono T;Yamada I;Aoki-Kinoshita KF
通讯作者：
Aoki-Kinoshita KF
影响因子：
3.1
作者：
Herget, S.;Ranzinger, R.;Von der Lieth, C. -W.
通讯作者：
Von der Lieth, C. -W.
影响因子：
3.1
作者：
Tsuchiya, Shinichiro;Aoki, Nobuyuki P.;Narimatsu, Hisashi
通讯作者：
Narimatsu, Hisashi
影响因子：
4.3
作者：
von der Lieth CW;Freire AA;Blank D;Campbell MP;Ceroni A;Damerell DR;Dell A;Dwek RA;Ernst B;Fogh R;Frank M;Geyer H;Geyer R;Harrison MJ;Henrick K;Herget S;Hull WE;Ionides J;Joshi HJ;Kamerling JP;Leeflang BR;Lütteke T;Lundborg M;Maass K;Merry A;Ranzinger R;Rosen J;Royle L;Rudd PM;Schloissnig S;Stenutz R;Vranken WF;Widmalm G;Haslam SM
通讯作者：
Haslam SM
DOI：
10.1016/j.bbagen.2016.02.016
发表时间：
2016-08-01
影响因子：
3
作者：
Campbell, Matthew P.;Packer, Nicolle H.
通讯作者：
Packer, Nicolle H.