Genome-wide identification and mapping of NBS-encoding resistance genes in Solanum tuberosum group phureja.
Genome-wide identification and mapping of NBS-encoding resistance genes in Solanum tuberosum group phureja.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0034775
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Orjeda G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lozano R;Ponce O;Ramirez M;Mostajo N;Orjeda G
迄今为止在植物中发现的大多数抗病（R）基因都编码含有核苷酸结合位点（NBS）和富含亮氨酸重复序列（LRR）结构域的蛋白质。还可以存在其他结构域，例如卷曲螺旋 (CC) 和 TOLL/白介素-1 受体 (TIR) 结构域。在最近测序的马铃薯组 phureja 基因组中，我们使用 HMM 模型和手动管理注释了 435 个 NBS 编码 R 基因同源物和 142 个缺乏 NBS 结构域的 NBS 衍生基因。鉴定出大多数先前记录的茄科 R 基因的高度相似的同源物。令人惊讶的是，435 个 NBS 编码基因中有约 41% (179) 是假基因，主要是由过早终止密码子或移码突变引起的。与马铃薯组 phureja 假分子的 577 个同源物中的 81.80% 的比对揭示了 R 基因的非随机分布； 470 个基因中有 362 个在 11 条染色体上以高密度簇的形式被发现。
The majority of disease resistance (R) genes identified to date in plants encode a nucleotide-binding site (NBS) and leucine-rich repeat (LRR) domain containing protein. Additional domains such as coiled-coil (CC) and TOLL/interleukin-1 receptor (TIR) domains can also be present. In the recently sequenced Solanum tuberosum group phureja genome we used HMM models and manual curation to annotate 435 NBS-encoding R gene homologs and 142 NBS-derived genes that lack the NBS domain. Highly similar homologs for most previously documented Solanaceae R genes were identified. A surprising ∼41% (179) of the 435 NBS-encoding genes are pseudogenes primarily caused by premature stop codons or frameshift mutations. Alignment of 81.80% of the 577 homologs to S. tuberosum group phureja pseudomolecules revealed non-random distribution of the R-genes; 362 of 470 genes were found in high density clusters on 11 chromosomes.
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作者：
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