Genome-wide cancer-specific chromatin accessibility patterns derived from archival processed xenograft tumors.
Genome-wide cancer-specific chromatin accessibility patterns derived from archival processed xenograft tumors.
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全基因组癌症特异性染色质的可及性模式来自档案处理的异种移植肿瘤。
DOI：
10.1101/gr.275219.121
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发表时间：
2021-12
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Pattenden SG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Marcel SS;Quimby AL;Noel MP;Jaimes OC;Mehrab-Mohseni M;Ashur SA;Velasco B;Tsuruta JK;Kasoji SK;Santos CM;Dayton PA;Parker JS;Davis IJ;Pattenden SG
在疾病中，影响基因表达和其他核过程的染色质可及性状态可能会改变。细胞中转录因子和染色质调节复合体的星座导致染色质可及性的特征模式。由于现有的染色质可及性分析对于福尔马林固定、石蜡包埋(FFPE)的档案组织无效，对组织中这些模式的研究一直是有限的。我们开发了一种通过增强空化从档案组织中有效地提取完整染色质的方法，该方法使用纳米液滴试剂，该试剂由带有液体全氟碳核的脂壳组成。在从FFPE组织中提取染色质的过程中包含纳米液滴，可增强完整、可及和核小体结合的染色质的回收。我们表明，在染色质可及性试验中添加纳米液滴，甲醛辅助分离调节元件(FAIRE)，不会影响可及染色质信号。将该技术应用于FFPE人肿瘤移植瘤，我们确定了与原发肿瘤相同的可及染色质的肿瘤相关区域。此外，我们对非肿瘤信号进行去卷积以识别肿瘤微环境的细胞成分。将这种增强空化的方法结合到FIRE中，有可能将染色质的可及性扩展到临床诊断和个性化医学，同时还能够探索档案样本中的基因调控机制。
Chromatin accessibility states that influence gene expression and other nuclear processes can be altered in disease. The constellation of transcription factors and chromatin regulatory complexes in cells results in characteristic patterns of chromatin accessibility. The study of these patterns in tissues has been limited because existing chromatin accessibility assays are ineffective for archival formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissues. We have developed a method to efficiently extract intact chromatin from archival tissue via enhanced cavitation with a nanodroplet reagent consisting of a lipid shell with a liquid perfluorocarbon core. Inclusion of nanodroplets during the extraction of chromatin from FFPE tissues enhances the recovery of intact accessible and nucleosome-bound chromatin. We show that the addition of nanodroplets to the chromatin accessibility assay formaldehyde-assisted isolation of regulatory elements (FAIRE), does not affect the accessible chromatin signal. Applying the technique to FFPE human tumor xenografts, we identified tumor-relevant regions of accessible chromatin shared with those identified in primary tumors. Further, we deconvoluted non-tumor signal to identify cellular components of the tumor microenvironment. Incorporation of this method of enhanced cavitation into FAIRE offers the potential for extending chromatin accessibility to clinical diagnosis and personalized medicine, while also enabling the exploration of gene regulatory mechanisms in archival samples.
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影响因子：
5.7
作者：
Chin HG;Sun Z;Vishnu US;Hao P;Cejas P;Spracklin G;Estève PO;Xu SY;Long HW;Pradhan S
通讯作者：
Pradhan S
影响因子：
2.9
作者：
Fix, Samantha M.;Koppolu, Bhanu P.;Papadopoulou, Virginie
通讯作者：
Papadopoulou, Virginie
DOI：
10.1073/pnas.1007647107
发表时间：
2010-12-14
影响因子：
11.1
作者：
Fanelli, Mirco;Amatori, Stefano;Minucci, Saverio
通讯作者：
Minucci, Saverio
影响因子：
3.7
作者：
Carrick DM;Mehaffey MG;Sachs MC;Altekruse S;Camalier C;Chuaqui R;Cozen W;Das B;Hernandez BY;Lih CJ;Lynch CF;Makhlouf H;McGregor P;McShane LM;Phillips Rohan J;Walsh WD;Williams PM;Gillanders EM;Mechanic LE;Schully SD
通讯作者：
Schully SD
影响因子：
30.8
作者：
Corces, M. Ryan;Buenrostro, Jason D.;Wu, Beijing;Greenside, Peyton G.;Chan, Steven M.;Koenig, Julie L.;Snyder, Michael P.;Pritchard, Jonathan K.;Kundaje, Anshul;Gkeenleaf, William J.;Majeti, Ravindra;Chang, Howard Y.
通讯作者：
Chang, Howard Y.