De novo Transcriptome Assembly of Senna occidentalis Sheds Light on the Anthraquinone Biosynthesis Pathway.
De novo Transcriptome Assembly of Senna occidentalis Sheds Light on the Anthraquinone Biosynthesis Pathway.
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塞纳塞纳西氏症的从头转录组组装阐明了蒽醌的生物合成途径。
DOI：
10.3389/fpls.2021.773553
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发表时间：
2021
影响因子：
5.6
通讯作者：
Oh TJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kang SH;Lee WH;Sim JS;Thaku N;Chang S;Hong JP;Oh TJ
番泻叶是一年生豆科草本植物，富含蒽醌类化合物，具有多种药理活性。然而，人们对S.尤其是其蒽醌生物合成途径。为了拓宽我们对蒽醌生物合成途径中关键基因和调控机制的理解，我们使用短RNA测序（RNA-Seq）和长读同种型测序（Iso-Seq）对S. [咒语]这产生了121，592个RNA-Seq单基因和38，440个Iso-Seq单基因。使用公共数据库对这些数据集进行全面的功能注释和分类，确定了与主要次级代谢物生物合成途径和关键转录因子家族（bHLH、WRKY、MYB和bZIP）相关的单基因序列。采用组织特异性差异表达分析方法，对S.对不同组织中蒽醌类化合物含量的测定表明，蒽醌类化合物的积累与不同组织中的基因表达水平有关。此外，S. occurentalis和S.虎。总之，这些结果提供了一个更广泛的理解蒽醌代谢途径在S。[咒语]
Senna occidentalis is an annual leguminous herb that is rich in anthraquinones, which have various pharmacological activities. However, little is known about the genetics of S. occidentalis, particularly its anthraquinone biosynthesis pathway. To broaden our understanding of the key genes and regulatory mechanisms involved in the anthraquinone biosynthesis pathway, we used short RNA sequencing (RNA-Seq) and long-read isoform sequencing (Iso-Seq) to perform a spatial and temporal transcriptomic analysis of S. occidentalis. This generated 121,592 RNA-Seq unigenes and 38,440 Iso-Seq unigenes. Comprehensive functional annotation and classification of these datasets using public databases identified unigene sequences related to major secondary metabolite biosynthesis pathways and critical transcription factor families (bHLH, WRKY, MYB, and bZIP). A tissue-specific differential expression analysis of S. occidentalis and measurement of the amount of anthraquinones revealed that anthraquinone accumulation was related to the gene expression levels in the different tissues. In addition, the amounts and types of anthraquinones produced differ between S. occidentalis and S. tora. In conclusion, these results provide a broader understanding of the anthraquinone metabolic pathway in S. occidentalis.
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影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
DOI：
10.1039/j39680002437
发表时间：
1968-01-01
期刊：
JOURNAL OF THE CHEMICAL SOCIETY C-ORGANIC
影响因子：
--
作者：
BURNETT, AR;THOMSON, RH
通讯作者：
THOMSON, RH
影响因子：
4.4
作者：
Chiang, Yi-Ming;Szewczyk, Edyta;Oakley, Berl R.
通讯作者：
Oakley, Berl R.
DOI：
10.1007/s11101-011-9211-7
发表时间：
2011-09
期刊：
Phytochemistry reviews : proceedings of the Phytochemical Society of Europe
影响因子：
--
作者：
Dao TT;Linthorst HJ;Verpoorte R
通讯作者：
Verpoorte R
agriGO：农业界的 GO 分析工具包
影响因子：
14.9
作者：
Du Z;Zhou X;Ling Y;Zhang Z;Su Z
通讯作者：
Su Z