The Crux Toolkit for Analysis of Bottom-Up Tandem Mass Spectrometry Proteomics Data.
The Crux Toolkit for Analysis of Bottom-Up Tandem Mass Spectrometry Proteomics Data.
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Crux工具包用于自下而上串联质谱分析蛋白质组学数据。
DOI：
10.1021/acs.jproteome.2c00615
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发表时间：
2023-02-03
影响因子：
4.4
通讯作者：
Noble, William Stafford
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kertesz-Farkas, Attila;Acquaye, Frank Lawrence Nii Adoquaye;Bhimani, Kishankumar;Eng, Jimmy K.;Fondrie, William E.;Grant, Charles;Hoopmann, Michael R.;Lin, Andy;Lu, Yang Y.;Moritz, Robert L.;MacCoss, Michael J.;Noble, William Stafford
Crux串联质谱仪数据分析工具包提供了一系列用于分析自下而上的蛋白质组级联质谱数据的算法。许多出版物描述了Crux的各个单独组成部分，但自2014年以来一直没有发表过全面的摘要。这项工作的目标是总结Crux的功能，重点是2014年以来的发展。我们从实验结果开始，展示了我们最近实现的对浪潮搜索引擎的加速。其他新功能包括Tide中的新得分函数、两个新的置信度估计程序以及三个新工具：用于直接从质谱学数据估计搜索参数的Param-Medic，用于搜索交叉链接质谱图的Kojak，以及用于在序列数据库中搜索与数据无关的采集数据的Diameter。
The Crux tandem mass spectrometry data analysis toolkit provides a collection of algorithms for analyzing bottom-up proteomics tandem mass spectrometry data. Many publications have described various individual components of Crux, but a comprehensive summary has not been published since 2014. The goal of this work is to summarize the functionality of Crux, focusing on developments since 2014. We begin with empirical results demonstrating our recently implemented speedups to the Tide search engine. Other new features include a new score function in Tide, two new confidence estimation procedures, as well as three new tools: Param-medic for estimating search parameters directly from mass spectrometry data, Kojak for searching cross-linked mass spectra, and DIAmeter for searching data independent acquisition data against a sequence database.
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影响因子：
3.4
作者：
Deutsch, Eric W.;Mendoza, Luis;Shteynberg, David;Farrah, Terry;Lam, Henry;Tasman, Natalie;Sun, Zhi;Nilsson, Erik;Pratt, Brian;Prazen, Bryan;Eng, Jimmy K.;Martin, Daniel B.;Nesvizhskii, Alexey I.;Aebersold, Ruedi
通讯作者：
Aebersold, Ruedi
影响因子：
4.4
作者：
Hulstaert, Niels;Shofstahl, Jim;Perez-Riverol, Yasset
通讯作者：
Perez-Riverol, Yasset
影响因子：
4.4
作者：
May, Damon H.;Tamura, Kaipo;Noble, William S.
通讯作者：
Noble, William S.
影响因子：
4.4
作者：
Binz, Pierre-Alain;Shofstahl, Jim;Deutsch, Eric W.
通讯作者：
Deutsch, Eric W.
影响因子：
3.4
作者：
Eng, Jimmy K.;Jahan, Tahmina A.;Hoopmann, Michael R.
通讯作者：
Hoopmann, Michael R.