A rule of seven in Watson-Crick base-pairing of mismatched sequences.
A rule of seven in Watson-Crick base-pairing of mismatched sequences.
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DOI：
10.1038/nsmb.2294
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发表时间：
2012-05-13
影响因子：
16.8
通讯作者：
Ha, Taekjip
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cisse, Ibrahim I.;Kim, Hajin;Ha, Taekjip
通过碱基配对的序列识别对于DNA修复和基因调控是必不可少的，但管理这一过程的基本规则仍然难以捉摸。特别是，两条不完全匹配的链之间的退火动力学没有得到很好的表征，尽管它在基于核酸的生物技术和基因沉默中具有潜在的重要性。在这里，我们使用单分子荧光来可视化多孔囊泡内两条未拴系链的多重退火和熔化反应，使我们能够精确地量化退火和熔化速率。作为错配位置函数的数据表明，DNA和RNA的快速退火需要七个连续的碱基对。这种现象学的七个规则可能是小的非编码RNA对种子基因沉默的七个核苷酸互补性的要求的基础，并且可能有助于指导基于DNA和RNA的生物和纳米技术的性能改进，其中脱靶效应可能是有害的。
Sequence recognition through base pairing is essential for DNA repair and gene regulation but the basic rules governing this process remain elusive. In particular, the kinetics of annealing between two imperfectly matched strands is not well characterized despite its potential importance in nucleic acids-based biotechnologies and gene silencing. Here we use single molecule fluorescence to visualize the multiple annealing and melting reactions of two untethered strands inside a porous vesicle, allowing us to quantify precisely the annealing and melting rates. The data as a function of mismatch position suggest that seven contiguous base pairs are needed for rapid annealing of DNA and RNA. This phenomenological rule of seven may underlie the requirement of seven nucleotides complementarity to seed gene silencing by small non-coding RNA and may help guide performance improvement in DNA and RNA-based bio- and nano-technologies where off-target effects can be detrimental.
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影响因子：
64.8
作者：
Baek, Daehyun;Villen, Judit;Shin, Chanseok;Camargo, Fernando D.;Gygi, Steven P.;Bartel, David P.
通讯作者：
Bartel, David P.
影响因子：
2.9
作者：
BRAUNLIN, WH;BLOOMFIELD, VA
通讯作者：
BLOOMFIELD, VA
DOI：
10.1073/pnas.85.23.8790
发表时间：
1988-12-01
影响因子：
11.1
作者：
CARDULLO, RA;AGRAWAL, S;WOLF, DE
通讯作者：
WOLF, DE
影响因子：
56.9
作者：
Farh, KKH;Grimson, A;Bartel, DP
通讯作者：
Bartel, DP
影响因子：
14.9
作者：
ABOULELA, F;KOH, D;MARTIN, FH
通讯作者：
MARTIN, FH