CEAS: cis-regulatory element annotation system.
CEAS: cis-regulatory element annotation system.
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DOI：
10.1093/nar/gkl322
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发表时间：
2006-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Liu XS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ji X;Li W;Song J;Wei L;Liu XS
高密度人类基因组拼接阵列的近期应用使生物学家能够进行染色质免疫沉淀 - 芯片（ChIP - chip）实验，以确定转录因子在人类基因组中的体内结合位点，并探索其调控机制。一旦确定了通过转录因子ChIP - chip富集的基因组区域，对于没有强大生物信息学支持的生物学家来说，基因组规模的下游分析至关重要但却困难重重。我们设计并实现了首个网络服务器，以简化ChIP - chip下游分析流程。给定基因组规模的ChIP区域，顺式调控元件注释系统（CEAS）会检索重复序列屏蔽的基因组序列，计算GC含量，绘制进化保守性图谱，定位附近的基因，并识别富集的转录因子结合基序。生物学家可以利用CEAS获取用于ChIP - chip验证的有用信息，整合重要知识以纳入其发表的成果中，并生成新的假设（例如转录因子合作伙伴）以供进一步研究。CEAS有助于在哺乳动物系统中应用ChIP - chip，并为更全面地理解转录调控机制提供见解。该服务器的网址是（此处原文缺失网址内容）。
The recent availability of high-density human genome tiling arrays enables biologists to conduct ChIP–chip experiments to locate the in vivo-binding sites of transcription factors in the human genome and explore the regulatory mechanisms. Once genomic regions enriched by transcription factor ChIP–chip are located, genome-scale downstream analyses are crucial but difficult for biologists without strong bioinformatics support. We designed and implemented the first web server to streamline the ChIP–chip downstream analyses. Given genome-scale ChIP regions, the cis-regulatory element annotation system (CEAS) retrieves repeat-masked genomic sequences, calculates GC content, plots evolutionary conservation, maps nearby genes and identifies enriched transcription factor-binding motifs. Biologists can utilize CEAS to retrieve useful information for ChIP–chip validation, assemble important knowledge to include in their publication and generate novel hypotheses (e.g. transcription factor cooperative partner) for further study. CEAS helps the adoption of ChIP–chip in mammalian systems and provides insights towards a more comprehensive understanding of transcriptional regulatory mechanisms. The URL of the server is .
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