Imaging Specific Genomic DNA in Living Cells.
Imaging Specific Genomic DNA in Living Cells.
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DOI：
10.1146/annurev-biophys-062215-010830
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发表时间：
2016-07-05
影响因子：
12.4
通讯作者：
Huang B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen B;Guan J;Huang B
基因组的三维结构在调控基因组的功能输出，甚至在表观遗传的维持以及基因组稳定性方面都起着重要作用。在此，我们回顾并比较了一些新开发的方法，这些方法能够对活细胞中特定的内源性DNA序列进行直接可视化，尤其是利用CRISPR - Cas9系统的方法。我们进一步讨论了实施CRISPR成像技术时的实际考量因素，以实现足够的信号背景比、高特异性和高标记效率。有了这些能够追踪基因组元件的拷贝数、定位和移动的DNA标记方法，我们探讨了它们在理解Cas9 - sgRNA复合物的搜索和靶向机制、研究染色体结构以及可视化基因组不稳定性和重排方面的潜在应用。
The three-dimensional organization of the genome plays important roles in regulating the functional output of the genome, and even the maintenance of epigenetic inheritance and genome stability. Here, we review and compare a number of newly developed methods that enables the direct visualization of specific, endogenous DNA sequences in living cells, especially that utilizing the CRISPR-Cas9 system. We further discuss the practical considerations in implementing the CRIPSR imaging technique in order to achieve sufficient signal-to-background level, high specificity and high labeling efficiency. With these DNA labeling methods enabling the tracking of the copy number, localization and movement of genomic elements, we discuss their potential applications in understanding the searching and targeting mechanism of Cas9-sgRNA complex, investigating chromosome organization, as well as visualizing genome instability and rearrangement.
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影响因子：
56.9
作者：
Boch, Jens;Scholze, Heidi;Bonas, Ulla
通讯作者：
Bonas, Ulla
影响因子：
46.9
作者：
Cho, Seung Woo;Kim, Sojung;Kim, Jin-Soo
通讯作者：
Kim, Jin-Soo
影响因子：
1.6
作者：
BELMONT, AS;BRAUNFELD, MB;AGARD, DA
通讯作者：
AGARD, DA
影响因子：
56.9
作者：
Bibikova, M;Beumer, K;Carroll, D
通讯作者：
Carroll, D
DOI：
10.1126/science.1159689
发表时间：
2008-08-15
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Brouns SJ;Jore MM;Lundgren M;Westra ER;Slijkhuis RJ;Snijders AP;Dickman MJ;Makarova KS;Koonin EV;van der Oost J
通讯作者：
van der Oost J